У меня есть генотипы растений, которые классифицируются как Invasive, Wildили Domestic. Я пытаюсь исследовать, какие объясняющие переменные (такие как «размер листа», «ширина лепестков» и другие непрерывные переменные) влияют на вероятность быть отнесенным к одной из трех групп. Поэтому я должен выполнить полиномиальную логистическую регрессию. Однако я хотел бы объяснить филогенетическую независимость, используя матрицу родства.
Существуют ли инструменты R, которые могут выполнять такую регрессию?
Например, я рассматривал lmekin , но я не думаю, что ему удается получить ответ, который может принимать 3 разные категории. Есть ли какая-то функция, которая мне была бы интересна ( apeнапример, в пакете)?
Если вы хотите выполнить подбор байесовской модели, это, вероятно, возможно, но вам потребуется немного поработать, чтобы убедиться, что модели являются такими, какими вы их себе представляете. Stan (через rstan или brms ) может соответствовать полиномиальной логистической регрессии ( демонстрация от Thinkinator ).
Если вы можете преобразовать эти модели в чистый код стана, то вы можете включить структуру филогенетической/родственной/произвольной корреляции в модель, следуя этому примеру на github ( или этому ). Мне больше повезло, что филогенетическая регрессия работала правильно в чистом стане, чем с помощью удобных функций.
Реми.б