Филогенетическое дерево

Я хочу найти обычное филогенетическое древо человека, мыши, C. elegans и дрозофилы без всех остальных организмов. Вы знаете, где я могу получить его?

спасибо, Нога

Вы хотите сделать один или найти тот, который уже сделал кто-то другой? У меня такое чувство, что вы не найдете ни одного готового и что в лучшем случае вам придется что-то удалить. Вы также можете уточнить, какова ваша конечная цель, поскольку у меня есть ощущение, что диаграмма граф-ядро может на самом деле лучше показать, что вы хотите.
Я сделал несколько деревьев на основе нескольких ферментов и хочу сравнить их с обычным деревом.
Если вы просто хотите что-то проверить, используйте все дерево, там есть вся информация. Просто игнорируйте виды, которые вам не интересны.
Каждое дерево является гипотезой отношений.

Ответы (3)

Это не полный ответ, но чтобы все закрутилось.

Кажется, я понимаю, чего ты хочешь; всеобъемлющее «правильное» дерево, с которым вы можете сравнить свое единственное дерево выравнивания?

Я могу придумать пару ответов на это. Во-первых, нет идеального способа построить филогенетическое дерево. Помимо всех различных показателей расстояния, которые вы могли бы использовать, и алгоритмов для сортировки больших деревьев, используемые вами данные также могут различаться в зависимости от того, что вы хотите сделать. Вы можете сравнить некоторые консервативные гены для сравнения на больших расстояниях или сильно мутабельные последовательности для близких расстояний, но которые подвержены шуму.

При этом дерево сравнения рибосомных РНК является филогенетическим эталоном. Как и деревья, полученные из нескольких генов. Если вы хотите проверить, необычны ли ваши гены, вы можете провести такое же сравнение с несколькими другими генами и посмотреть, существенно ли различаются деревья для вашего гена. Поскольку животные, которых вы сравниваете, находятся так далеко друг от друга на дереве, относительное сравнение будет довольно близко к дереву, которое вы сделали.

Если вы пытаетесь количественно сравнить дерево с каким-то эталонным деревом, это будет сложной задачей.

Вы можете зайти на Wikispecies и найти страницу вида для каждого организма, например, страницу Mouse . Там вы можете нажать кнопку «Развернуть» в поле «Таксонавигация» и увидеть названия групп для организма. Сравнение названий для каждого организма даст наиболее близкие общие, которые дают вам дерево.

Тем не менее, чтобы узнать о дереве между млекопитающими и двумя другими, вам, возможно, захочется взглянуть на веб-страницу «Древо жизни» для Bilateria . Ваши три группы попадают в Deuterostomia, Arthropoda и Nematoda; для них вы найдете дерево для этих трех групп. (На самом деле два дерева, но для ваших групп это одно и то же.)

Я бы не рекомендовал Wikispecies в качестве справочника по филогенезу: таксономическая система не идентична (нашему нынешнему пониманию) филогенетических отношений. Я бы вообще не рекомендовал Wikispecies, так как в настоящее время он занят одним модератором.

Если принять господствующую в настоящее время гипотезу Ecdysozoa , то соотношения следующие:

               ____ Drosophila
              |
        ______|
       |      |____ C. elegans
       |
  -----|       ____ Human
       |      |
       |______|
              |____ Mouse

Согласно более традиционным взглядам ( гипотеза Coelomata ):

         _______________ C. elegans
        |
    ----|     __________ Drosophila
        |    |
        |____|       ____ Human
             |      |
             |______|
                    |____ Mouse

(Обратите внимание, что эти деревья имеют одинаковые топологии без корней)

Филогенетическое дерево
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v