У меня есть пара структур, которые почти готовы к размещению в PDB. Из любопытства я прогнал их через инструмент предварительной проверки ADIT, и они терпели неудачу с одной ошибкой за другой, поскольку мне не хватало всевозможных дополнительных записей ( , , и т. д. TER) SEQRES, HETNAMкоторые, похоже, не заботят мои инструменты уточнения и моделирования.
Насколько я понимаю/предполагаю, онлайн-инструмент отправки поможет заполнить все метаданные ( REMARKs и т. д.), но как мне превратить мои координаты во что-то приемлемое?
Эти две ссылки проходят через спецификации, необходимые для формата PDB:
Ссылка1: http://deposit.rcsb.org/adit/docs/pdb_atom_format.html
Link1 в первую очередь просматривает спецификации. требуется, если вы говорите, что у вас есть файл ЯМР, поэтому вам потребуется заявление MODEL. Он также проходит через другие утверждения, такие как, когда использовать TERи как ATOMдолжна выглядеть каждая строка и т. д.
Ссылка2: http://www.wwpdb.org/documentation/format33/v3.3.html
Link2 проходит через другие операторы, такие HEADERкак REMARKSиTITLE
Бобтеджо
марчин