Цвет ван-дер-ваальсовых облигаций в Швейцарии PdbViewer

Если я прав, предполагая, что вы пытаетесь получить окраску, подобную фиолетовым облигациям AA VDW, то я могу только специально окрашивать облигации VDW в сплошном 3D-виде (под дисплеем, визуализировать в сплошном 3D) в SPDBV, но не тогда, когда сплошной 3D-вид не активируется, как в примере на вашей картинке. Один из вариантов — использовать POV-Ray, но я с ним не работал.

Если фиолетовая окраска не является фотошопом авторов статьи, из которой вы взяли картинку, то, скорее всего, они написали для нее специальный скрипт в программе, который позволяет им это делать. Поэтому я бы просто связался с соответствующим автором и спросил их, как им это удалось, и сделали ли они это с помощью скрипта или другого программного обеспечения. В большинстве случаев люди с удовольствием делятся своей методологией после ее публикации!

Также вы пробовали программное обеспечение Jalview? Хотя он разработан в первую очередь как инструмент выравнивания, он имеет хороший трехмерный вид Jmol. Вы можете загрузить свою последовательность и связанный с ней файл PDB и поиграть с ней. Графический вывод вполне удобен для публикации. Я не эксперт в этом, и я только немного поигрался с этим, но когда вы освоитесь, это довольно приятно графически. Хотя вид VDW по-прежнему представляет собой трехмерное изображение с заполнением пространства, он немного лучше, так как имеет непрозрачность и т. д. Просто загрузите его, и как только вы откроете его, вам будет представлен пример выравнивания и вид Jmol. Просто поиграйте с разделом выравнивания и представлением Jmol и посмотрите, нравится ли вам эстетика. Единственная сложная часть программного обеспечения — это выделение остатков, которые вы хотите выбрать, но как только вы справитесь с этим,

Надеюсь это поможет.