Я пытаюсь использовать Jpred для предсказания вторичной структуры последовательности белка. Когда я запускаю J-pred, я получаю кучу обращений от PDB. Я также заметил, что эти «хиты» имеют то же имя, что и шаблоны, которые я использую при использовании швейцарского мода. Как мне интерпретировать эти попадания, я просто игнорирую их и все равно заставляю jpred предсказывать структуру?
Это зависит от того, что вы пытаетесь сделать. Судя по всему, ваша последовательность запросов аналогична последовательности белков с известной трехмерной структурой. Как говорится на странице результатов Jpred (и в справке ), в этом случае, возможно, стоит посмотреть на эти гомологи с экспериментально определенными структурами для получения информации о вторичной структуре. Скорее всего, он окажется более точным, чем предсказание Жпреда.
Сколько вторичной структуры вы можете использовать из 3D-структуры, также зависит от того, какие части выровнены между вашей последовательностью и частями в PDB. Вы можете показать выравнивание на странице результатов Jpred, нажав кнопку ниже «Выравнивание совпадений PDB с вашей последовательностью». Однако, если вы собираетесь использовать аннотации из 3D-структуры, возможно, будет лучше использовать SWISS-MODEL напрямую.
Если вы не хотите видеть эти совпадения и просто принудительно делаете прогноз Jpred, вы можете поставить галочку «Пропустить поиск в PDB перед прогнозом» в дополнительных параметрах перед отправкой прогноза. Совпадения показаны просто для удобства, их игнорирование ничего не меняет в прогнозе Jpred.
Ксимс
мивилар
Ксимс