Например, мы сначала собираем все содержимое РНК из клеточной линии млекопитающих. Скажем, например, мы собираем 80 мкл РНК с концентрацией 150 нг/мкл. Далее, чтобы сделать кДНК, мы берем 1000 нг РНК. Однако эти 1000 нг представляют собой совершенно случайную выборку всей РНК, которая у нас была. Как эта случайная выборка РНК репрезентативна для первоначального содержания РНК в наших клетках?
Не совсем понятно, что именно спрашивает спрашивающий, но…
... один из способов подумать об этом - спросить, насколько вероятно, что РНК с низким содержанием будет отсутствовать в образце, взятом при приготовлении РНК. Это сделало бы выборку нерепрезентативной на качественном уровне.
В вопросе указано, что выделено 12 000 нг РНК. Поскольку больше ничего не указано, я предполагаю, что это полная РНК. Грубая оценка общей РНК на эукариотическую клетку составляет 20 пг.
Это означает, что препарат получен из 6 х 10 5 клеток. (Я предполагаю 100% доходность, но это не повлияет на вывод.)
Теперь предположим, что мРНК с низким содержанием присутствует в количестве 10 копий на клетку. Таким образом, общий препарат РНК содержит 6 х 10 6 копий этой малочисленной мРНК.
Мы берем образец 1000 нг из общего количества 12000 нг. Другими словами, мы берем 1/12 препарата РНК. Если этот препарат РНК содержит 10 6 копий мРНК с низким содержанием, насколько вероятно, что мы случайно возьмем образец, который не содержит копий мРНК с этим низким содержанием? Тут моя математика меня подводит, но интуитивно я говорю, что вероятность очень-очень мала .
Теперь, если в клетке есть 1000 различных малочисленных мРНК, вероятность пропустить каждую из них очень-очень мала , но общая вероятность пропустить одну из них в 1000 раз очень-очень мала , так что, может быть, очень мала .
Я продолжу думать о том, как рассчитать значение очень-очень малого , но если кто-то хочет помочь - заранее спасибо!
Роланд