Как правильно называть аминоацил-тРНК?

Минимальный ответ

Если все, что вы хотите сделать, это именно то, что вы указали, на основе статьи 2013 года о человеческих тРНК, идентифицированных в проекте 1000 генов , формат будет выглядеть так :

Метионил-тРНК ^Met (CAU)
или
метионил-тРНК ^Met (CAU)

Обратите внимание, что антикодон написан в направлении 5ʹ→3ʹ, как в статье, и что Met пишется с заглавной буквы, как рекомендовано в этой публикации IUPAC 1970 г. (так в оригинале).

У меня есть оговорки по этому поводу, так как мне не удалось найти рекомендации по номенклатуре тРНК (даже в РНК-журналах), а статья касается генов (хотя там используется другая номенклатура — Transfer RNA-Met (CAT) 1-1 и т. ). Кроме того, моя рекомендация использовать CAU, а не CAT (используется в цитируемой статье) основана только на моем опыте ученых, работающих с тРНК, а не на их генах (хотя это может быть оправдано в более широком контексте: см. ниже ). ).

Вариант этого можно найти в статье 2017 года :

$\mathrm{Met\text{-}tRNA^{Met}{}_{CAU}}$

Поэтому я подозреваю, что нет никакой «официальной» номенклатуры.

Проблемы с предоставлением более полного ответа

Приведенный выше ответ адекватен в определенных обстоятельствах, например, при различении в статье или лекции двух видов (например, с разными антикодонами, хотя этого не происходит с метионином). Проблемы возникают, когда вы хотите отличить одну тРНК от всех других тРНК, присутствующих в клетке или закодированных в геноме. Я перечисляю некоторые возможные неясности:

• Инициирование удлинения Met-тРНК (в указанном случае)
• Антикодоны, содержащие модифицированные основания
• Различные тРНК с одинаковой аминокислотной специфичностью и одинаковым антикодоном
• Цитоплазматические и митохондриальные тРНК у эукариот
• тРНК разных видов

Возможные решения

Различные мет-тРНК

Часто это наиболее важно, так как инициирующая и удлиняющая Met-тРНК имеют один и тот же антикодон, но структурно и функционально различны. Дифференциация обычно осуществляется с помощью нижнего индекса : первоначально «f» или «m» соответственно, но для эукариот теперь обычно «i» или без нижнего индекса:

$\mathrm{Met\text{-}tRNA^{met}_f} \quad or \quad \mathrm{Met\text{-}tRNA^{met}_m}$

$\mathrm{Met\text{-}tRNA^{met}_i} \quad or \quad \mathrm{Met\text{-}tRNA^{met}}$

Антикодоны, содержащие модифицированные основания

Ранее было замечено, что антикодоны тРНК содержат модифицированные основания — например, инозин, которые имеют определенные паттерны узнавания «колебательных» кодонов ( см. мой ответ на другой вопрос SE ). Следовательно, во многих случаях было бы важно указать их — вот почему я рекомендую использовать U, а не T, например

Tyr-тРНК ^Tyr (GΨA)

тРНК с одинаковым антикодоном

Дупликация генов часто приводит к тРНК с одинаковой специфичностью и одним и тем же антикодоном. В некоторых случаях последовательности идентичны, поэтому их невозможно различить, но в других случаях происходят мутации, не изменяющие функцию. Чтобы отличить такие виды по одному основанию (здесь на позиции 40), в документе «1000 геномов» используется следующий стиль:

(G40) тРНК ^Arg (GCA)

или

(C40) тРНК ^Arg (GCA)

На генетическом уровне для тРНК человека используется произвольная нумерация , например

перенос РНК-Мет (CAT) 1-1

перенос РНК-Мет (CAT) 1-2

тогда как у дрозофилы используется вариант этого стиля, например

перенос РНК: Метионин-CAT 1-1

перенос РНК: Метионин-CAT 1-2

Цитоплазматические и митохондриальные тРНК

Важно помнить, что митохондрии эукариот содержат свой собственный набор тРНК, и при необходимости различать их по предшествующей «митохондриальной». У дрозофилы символ будет «мт: тРНК: Met-CAT», а название — «митохондриальная транспортная РНК: метионин-CAT».

Разновидность

Очевидно, можно определить вид с помощью предшествующего прилагательного. Я упоминаю об этом, чтобы указать, что набор тРНК различен для разных видов.