Как скоро работа с биологией станет такой же простой, как сейчас программирование?

Биотехнология сейчас является важным ключевым словом в отрасли, как компьютерные технологии несколько лет назад. В настоящее время любой может открыть терминал и начать возиться со своим компьютером, программным обеспечением, воплотить в виртуальном мире все, что только может представить его воображение. Аналогичная тенденция наблюдается с объектами и ростом фабрик по всему миру.

Произойдет ли это с биологией и как скоро? Когда в ближайшем будущем мы увидим детей, играющих с молекулами, ДНК и жизнью?

Этот вопрос НЕ предназначен для того, чтобы охватить то, к чему может привести такая переделка.

Не могли бы вы пояснить, что вы подразумеваете под «игрой с молекулами, ДНК и жизнью»? Есть несколько разных значений, к которым я бы подошел совершенно по-разному. Существует огромная разница между «уменьшить выработку меланина в моих глазах, чтобы на время изменить их цвет с коричневого на зеленый», и «навсегда сделать мои глаза зелеными», и «изменить мои яйцеклетки/сперматозоиды, чтобы у всех моих будущих детей были зеленые глаза», и « Разработайте новый препарат с нуля, который сделает глаза фиолетовыми без каких-либо непредвиденных побочных эффектов». Что-то из этого уже можно сделать, что-то представляет собой настоящую проблему.
Наверное, я имел в виду все это. Не думал, что это слишком далеко. Хорошие примеры того, что я имел в виду, были упомянуты здесь: worldbuilding.stackexchange.com/a/4443/90 . Но мне было бы интересно узнать сроки всего, что вы упомянули в основном :-)
Это кажется связанным: mitadmissions.org/blogs/entry/…

Ответы (5)

Хотя мой ответ, безусловно, основан на мнении, я думаю, что ответ таков: вероятно, никогда. Причина в том, что если вы захотите сравнить генетический код человека и животных с компьютерным кодом, он будет выглядеть как 0% логики и структуры и сотни миллионов лет отладки. Так работает эволюция: создаются случайные мутации, и если они полезны, они распространяются. Компьютерное программирование также может осуществляться таким же образом с использованием генетических алгоритмов . Результаты часто эффективны, но совершенно непонятны человеку.

Уже сегодня мы можем вставить практически любую ДНК в клетку. ДНК можно было бы записать в виде длинной последовательности букв, и мы смогли бы ее синтезировать. Проблема не в технологии, а в том, что мы не знаем, что она будет делать. Поскольку понять код ДНК очень сложно, тонкие изменения, вероятно, всегда будут требовать обширных исследований и экспериментов. Код слишком запутан, чтобы изменить его так просто.

Если все животные «очень плохо написаны», мы можем спросить, насколько мы близки к написанию животных с нуля. Это также кажется очень, очень проблематичным. В отличие от жизни, наше программное обеспечение очень иерархично. Более высокий уровень программирования основан на точном переводе в ассемблерные инструкции процессора, которые полагаются на то, что процессоры очень точно выполняют множество простых задач. Даже процессор в основном представляет собой простую деталь - транзистор, многократно скопированный в очень точную структуру. Каждый уровень работает идеально и может быть полностью отделен от следующего. Это позволяет нам понимать его и эффективно писать программное обеспечение. Базовые единицы жизни — белки — гораздо более беспорядочны. Они никоим образом не работают так чисто, как транзисторы, и, вероятно, потребуется гораздо больше проб и ошибок, чтобы заставить весь механизм белков работать так, как задумано. взаимодействует с другими белками. По моим оценкам, нам могут понадобиться сотни лет, чтобы найти способ обойти это.

Я не согласен. Да, это сложно, но это конечный блок кода, так что со временем мы сможем его расшифровать и понять. Кроме того, если вы хотите написать совершенно новые организмы, вам просто нужно достаточно хорошо понимать исходный код, чтобы не убить клетку, в которую вы вводите код, и достаточно хорошо понимать принципы, чтобы создавать новый код. Тот факт, что единственные доступные программы являются ужасными хаками, не означает, что вы не можете писать новые программы, которые ими не являются.
Я согласен с тем, что мы сможем понять отдельные проблемы, и любые предполагаемые изменения, вероятно, могут быть осуществлены при наличии достаточных ресурсов и времени. Я отвечал на вопрос: «Скоро ли возиться с биологией будет так же просто, как программировать?». На это я скажу, наверное, никогда: так как исходный код животных и людей написан очень плохо. Это не проблема технологии, скорее, каждое изменение будет представлять собой новую проблему, которую необходимо решить. Я также немного расширил свой ответ, чтобы ответить на поднятый вами вопрос о написании жизни с нуля.
Я начинаю задаваться вопросом, возможно, вы недооцениваете программирование. Работа с геномами напрямую связана с уровнем программирования сборки; Я, конечно, ожидаю, что у продвинутых биотинкереров будут инструменты, подобные нашим компиляторам, с запрограммированными данными о внутренней работе организмов, на которые они нацелены. И вы определенно недооцениваете сложность процессоров. Я почти уверен, что нет ни одного человека, который разбирается в текущем процессоре на уровне транзисторов (и в этих измерениях знания того, какой транзистор соединяется с каким другим, далеко не достаточно для характеристики функциональности!)
То, о чем вы говорите, это не «программирование на ассемблере», а «разборка». Вы говорите о том, чтобы взять спагетти-код, созданный за миллионы лет, и попытаться разобрать, какие части образуют руку, а какие — ногу. На самом деле эти деления гораздо более размыты. Если вы разговариваете с кем-либо, кто работает на ассемблере, первым делом вы ДОЛЖНЫ понять, какие соглашения они использовали, иначе сборка нечитаема. Насколько нам удалось расшифровать, природа не пользуется условностями.
Я пытаюсь указать, что наличие компиляторов требует, чтобы базовый уровень ассемблера работал безупречно в соответствии с небольшим набором правил. Без этого как бы работал компилятор? Процессоры, без сомнения, невероятно сложны. Тем не менее, они в значительной степени основаны на нескольких простых правилах, что, я думаю, не относится к биологическим системам. Эта структура позволяет легко понять и облегчает работу. Эти идеи в основном взяты из прекрасной книги У. Дэниела Хиллиса «Узор на камне» , которую я действительно могу порекомендовать по этой теме.
@CortAmmon Насколько я понимаю, у природы есть несколько соглашений, которые мы смогли расшифровать, например, регуляторы генов. И базы развились в сторону общей кодировки многих возможных (что позволило нам создать искусственные базовые кодировки). Это предполагает, что Природа предпочитает интероперабельность так же, как и мы. Это означает, что существует небольшой конечный набор машинных инструкций, который может охватывать всю жизнь.
@ Блэк: Это правда. На самом низком уровне ДНК природа хранит простой набор машинных инструкций. Однако использование этих простых инструкций совсем не простое. Протеом — это место, где резина выходит на дорогу, и мы все еще едва пробиваемся туда.
Поскольку этот вопрос касается технологий будущего, как бы изменился этот ответ, если бы мы могли создавать полные последовательности РНК/ДНК за миллисекунды и без затрат ресурсов? Возможно, при достаточно продвинутом компьютерном моделировании, способном мгновенно давать результаты? Будущие биоинженеры смогут «эволюционировать» свои собственные модельные организмы с нуля, не используя существующие последовательности, использовать ИИ для обнаружения последовательностей, которые создают определенные белки и клеточные структуры, в конечном итоге сконструировать многоклеточные организмы, а затем спроектировать их органы и конечности, имея в каждой точке четкую картину. понимание того, какой ген что делает.

На этот вопрос действительно трудно ответить из-за споров о стволовых клетках , когда религиозные деятели возражают против использования человеческих эмбрионов в научных целях.

Несмотря на то, что вы упустили размышления о конечных результатах того, что каждый может играть с живыми организмами, реальное распространение будет строиться вокруг того, «какие возможности это нам дает».

Например, хотя верно то, что вы можете купить компьютер и написать свою первую программу Hello World , в случае «лабораторной науки» этого все же достаточно, чтобы позволить вам немного поиграть в лаборатории с открытием цветочных клеток, и если вы хотите хотите узнать больше, есть специализированная школа, чтобы научить вас этому.

Кроме того, компьютер в каждом доме появляется потому, что он решает более одной проблемы «общего хозяйства» (в то время как «игры» могут быть одной из них).

Короче говоря, даже если широкая публика решительно поддерживает эксперименты с ДНК, я все же верю, что устройство для экспериментов с ДНК будет частью скорее «школьной лаборатории», чем обычного домашнего хозяйства. (Значит, до общего домашнего хозяйства он никогда не дойдет).

Чтобы угадать время, я думаю, что правдоподобный горизонт для размышления составляет от 20 до 50 лет.

Но имейте в виду, что каким бы крутым устройство или технология ни звучали на бумаге, широкая общественность всегда может быть против .

Я думаю, что первое предложение (и последнее предложение) прекрасно резюмирует аргумент, хотя мне было бы любопытно увидеть точку зрения консервативного религиозного человека на этот вопрос.
Однажды я обсуждал это с религиозным человеком и попытаюсь обобщить аргументы: 1) Бог - создатель всей жизни 2) Только Богу позволено забрать жизнь 3) Эмбрион - это жизнь, поэтому вам не разрешено "убей" его, так как ты не Бог
Я полагал, что это пойдет как-то так. (Вздох)
Биоинженерия служит общему домашнему хозяйству. Вы можете кормить свои биоинженерные культуры дешевыми материалами (или даже пищевыми отходами/вторсырьем) и производить другие полезные материалы. Это могут быть лекарства, продукты питания, парфюмерия, пластик для 3D-принтеров, все, что можно синтезировать в лаборатории. Люди будут покупать «бактериальные принтеры», скачивать виды из Интернета так же, как мы загружаем модели для 3D-принтеров, и использовать их для чего угодно. Это не 20-50 лет, которые вы предсказываете, но компьютерам также потребовалось много времени, чтобы добраться до каждого дома. Я бы съел намного больше йогурта, если бы у меня была такая технология

Вскоре мы решим использовать мощь ДНК и биологии для помощи в вычислениях (компьютеры на основе ДНК уже существуют сегодня). Тем не менее, пройдет ДОЛГОЕ время, прежде чем мы будем комфортно возиться с существующей биологией, потому что «исходный код» слишком сложен для понимания.

Мы эволюционировали миллионы лет. «Читаемость генома» ни разу не была выбрана (на самом деле, она могла даже быть выбрана против). Весь код, написанный человеком, имеет большое значение для «читабельности», поэтому мы разрабатываем наши продукты по-другому. Например, в программировании есть мем «goto считается вредным», потому что это затрудняет чтение. Существует также философия минимизации взаимодействия потоков, потому что им трудно следовать. Продукт Nature везде использует «goto», и лучшая аналогия клеточного поведения — это миллионы взаимодействующих нитей. Многие из наших причудливых форм и функций на самом деле являются результатом «общего кода», который мутировал, чтобы быть полезным для совершенно другой цели.

Мне нравится верить, что в какой-то момент будущего нашей расы у нас будет какая-то власть над биологией. Однако я не верю, что власть будет иметь сильное сходство с сегодняшним программированием. Я ожидаю, что это будет выглядеть гораздо более тонко.

Технология генной инженерии уже позволяет нам с предельной точностью манипулировать геномами нескольких модельных организмов. Гомологическая рекомбинация в дрожжах позволяет исследователям изменять практически любую последовательность в геноме на любую, которую они хотят, и теперь разрабатываемая система CRISPR/Cas9 демонстрирует огромные перспективы для использования в более сложных многоклеточных организмах. Текущие генетические исследования обычно включают удаление последовательностей ДНК, вставку последовательностей ДНК, слияние генов вместе и вообще все, что вы можете себе представить, делая с генетической последовательностью, чтобы понять, как она работает. Это не значит, что это легко. Существуют трудоемкие точные протоколы, которым необходимо следовать, но они не всегда работают. Для этого требуются ресурсы современной лаборатории, изрядная сумма денег и большой опыт. Чтобы ребенок когда-либо смог это сделать, весь процесс должен быть автоматизирован с помощью машины. В некоторых очень хорошо финансируемых лабораториях есть робототехника, способная автоматизировать некоторые процессы, но мы еще далеки от универсального персонального устройства для генной инженерии.

Хотя в будущем можно будет быстро и дешево манипулировать геномом организма, более серьезным препятствием для создания того, что вы хотите, является знание того, что нужно изменить. Мы действительно не понимаем назначение большей части ДНК в наших геномах. Наше текущее исследование обычно включает в себя что-то, что ломается, наблюдает, что происходит, а затем придумывает модель того, что эта штука делала. Мы далеки от того, чтобы вносить целенаправленные изменения для создания пользовательских организмов.

По моему мнению, революцию в биотехнологиях, которую вы представляете, скорее всего, должна будет предшествовать революция в области вычислительной техники. Чтобы действительно получить полную модель того, как работают геномы, нам нужны мощные вычислительные модели для прогнозирования структуры и функций белков, а также для моделирования всех взаимосвязанных регуляторных сетей, управляющих всеми этими белками.

через 100 000 лет? Через 1 000 000 000 лет? Никогда?

Есть много аргументов против того, чтобы это когда-либо происходило, и еще больше аргументов, почему это никогда не произойдет в ближайшее время, если только мы не призовем научную фантазию, а также быстрые шаги к утопическим социальным улучшениям со скоростью, скажем, временной шкалы « Звездного пути» . AFAIK Star Trek не имеет такого уровня технологий (и детского доверия).

Рассмотреть возможность:

  • Возиться со своим телом опасно , поэтому до тех пор, пока у нас не появится технология воскрешения, было бы безответственно предлагать широкой публике играть с генетическими манипуляциями.

  • Генетическая манипуляция опасна для всего живоготем более, что для систематического изменения ДНК организма необходим мощный механизм распространения, а ДНК естественным образом мутирует. Вот почему это очень плохая идея, позволять коммерческим корпорациям фактически выпускать ГМО-культуры, не говоря уже о том, чтобы кормить ими всех, и не маркировать их. Например, ГМО-растения распространяют свои семена в окружающую среду, где они в конечном итоге распространяются на другие поля и превращают их в ГМО-растения и новые ГМО-сорта, сокращая количество не-ГМО-растений. Когда эти компании также намеренно разрабатывают продовольственные культуры так, чтобы они не могли давать семена, содержали большое количество пестицидов и т. д., они просто хотят, чтобы что-то пошло не так, потенциально необратимо. Позволить Джуниору возиться с ДНК — плохая идея, и вашему будущему обществу придется несладко.

  • Аналогия о том, что ДНК похожа на программный код, скорее теоретическая и метафорическая, чем буквальная и практическая. Возиться с ДНК в семенах до тех пор, пока вы не получите каких-то положительных эффектов, в программировании эквивалентно случайной игре с чужим машинным кодом, например:введите описание изображения здесьЗа исключением того, что это очень краткая, логично написанная и небольшая программа, так что что-то с огромным количеством страниц, написанное случайным образом по своей природе, с большей частью кода, по-видимому, ничего не делающего, но, возможно, делающего что-то, и без линейного выполнения, так как некоторые это может быть частью (или частью части части системы), из-за которой волосы на подбородке Джорджа Лемюэльсона начинают седеть в возрасте 48 лет, снижая его либидо на 5% и увеличивая его шанс заболеть диабетом-А на 5%. . И вы можете вырезать и вставлять его только кусками, заменяя куски из других версий той же программы. Ваша единственная надежда состоит в том, что фрагменты, которые вам нужно вырезать и вставлять, взяты из других программ, которые были разработаны для вырезания, вставки и рекомбинации. Но, к сожалению, многие из этих комбинаций могут быть бесплодными, смертельными или раковыми. именно поэтому ГМО производится в лабораториях, где вы можете выбросить почти все свои многочисленные неудачи. Чего вы не хотите, чтобы Джуниор проделывал с собой, если только вы не хотите, чтобы он умер.

Я не согласен с вашей точкой зрения, что «генетические манипуляции опасны для всего живого». Бактерии и вирусы в природе постоянно мутируют, и лишь немногие из них действительно смертельны. И это те, кто эволюционировал, чтобы эффективно обмануть нашу иммунную систему и превзойти ее. Мне кажется совершенно неправдоподобным, чтобы ГМО случайным образом мутировало во что-то действительно вредное, особенно если модифицированный организм не паразит или болезнь, а сельскохозяйственная культура. Мне кажется, это почти то же самое, что сказать, что разведение собак очень опасно, потому что в процессе вы меняете ДНК собаки.
@Ingi Естественная мутация - это одно. ГМО - это совсем другое. ГМО — это не только ускоренное размножение и отбор, но и инженерные специфические удаления и добавления, которые могут включать межвидовые вставки ДНК. Например, ДНК инсектицидных бактерий в продуктах питания. Некоторые из них также предназначены для того, чтобы сделать семена бесплодными, поэтому Monsanto может сделать фермеров зависимыми от покупки семян у Monsanto и неспособными повторно сажать из семян. ДНК сельскохозяйственных культур распространяется на другие поля, а культур, не содержащих ГМО, становится все меньше...
... Таким образом, мы можем получить все больше и больше культур с интересными свойствами, распространяющимися бесконтрольно, включая все больше и больше пестицидов и саботажа, и все меньше биоразнообразия. Это приводит к дисбалансу других видов во всей пищевой цепочке, и насекомые поедают урожай и умирают, птицы поедают насекомых и т. д. Таким образом, мы видим массовую гибель пчел и связанные с этим побочные эффекты, а также появление новых инсектицидов. устойчивых насекомых, к которым Monsanto предполагает, что ГМО-культуры содержат еще больше пестицидов. Между тем, внезапно люди, кажется, становятся «глютеновыми» — непереносимыми, чего раньше не было, и т. д.
Я согласен с некоторыми вашими пунктами, я просто не вижу, как они показывают, что "ГМ опасен для всей жизни". Большинство примеров, похоже, скорее показывают, что «мы должны быть более осторожными и проводить больше тестов, прежде чем внедрять ГМО». ГМ-культуры могут нарушить баланс экосистемы — но разве не то же самое мы делали, когда во время колонизации сажали сельскохозяйственные культуры вместо лесов и лугов, распространяя виды по континентам? Меньше биоразнообразия также произойдет, если мы решим, например, посадить монокультуры ели. Таким образом, ошибка, по-видимому, заключается в создании монокультур, а не самих ГМО.
@Ingi Нет, это совсем не то же самое, что преобразовывать леса / луга в сельскохозяйственные культуры (что достаточно плохо). ГМО-культуры перекрестно опыляются с естественными растениями, даже не входящими в культуру, и добавляют ДНК ГМО других видов, которых никогда не было бы в естественных растениях, которые начинают распространяться перелетными птицами по всей планете, пока, в конечном итоге, большинство видов, не содержащих ГМО. может больше не существовать. На данный момент «нам следовало провести больше тестов — к сожалению, ретровирусные элементы, которые мы используем, также вызывают генетическое заражение у животных», может быть слишком поздно... и...
... кроме того, воздействие на экосистему гораздо более распространено, чем просто посадка других растений, которые возникли естественным путем. Например, огромное количество пестицидов, разработанных специально для продовольственных культур, бездумно пытающихся убить большинство паразитов сельскохозяйственных культур. Во-первых, это имеет неприятные последствия в виде развития устойчивых к пестицидам паразитов (на которых Monsanto еще более неблагоразумно предлагала реагировать еще большим количеством пестицидов). Во-вторых, он разбалансирует всю экосистему гораздо больше, чем естественный вид. Если мы уничтожим почти всех насекомых-опылителей (например, пчел), большинству природных видов будет очень трудно размножаться.