Что я хочу выяснить, так это начало транскрипции для конкретного гена, какова длина UTR до начала фактической кодирующей последовательности.
Я просмотрел различные базы данных, такие как NCBI Gene, Refseq или специализированные, такие как PRODORIC. Но ни один из них на самом деле не содержит последовательности мРНК или какой-либо информации о нетранслируемых частях мРНК. Только сама последовательность кодирования.
Разве такого рода информация просто не аннотирована для многих бактерий? Я не смотрю на модельные организмы, такие как E. Coli или B. subtilis, но я ожидал, что будет доступна некоторая информация.
Есть ли база данных, где я могу найти фактические последовательности транскриптов для прокариотических генов?
Добавьте это в свой запрос NCBI: AND mrna[filter]
Если он недоступен в основных базах данных, он может быть неизвестен.
Однако данные мРНК могут быть трудно найти даже в этих основных базах данных, но они должны быть там. Я был бы удивлен, если бы это было так, однако, поскольку вы не работаете с модельными организмами, вполне может быть ничего доступного.
При поиске гена транскрипта у NCBI есть несколько советов по поиску в их базе данных, которые вы можете увидеть здесь . # 8 может иметь отношение к вам, поскольку это способ фильтрации исключительно записей мРНК.
Если для данного гена и организма нет кластера UniGene, выполните поиск в базе данных нуклеотидов по названию гена, названию продукта или символу. Включите организм в поиск, чтобы найти наиболее релевантные результаты, и отфильтруйте последовательности транскриптов, например:
Cytochrome c AND bullfrog[orgn] AND mrna[filter].
Basic: инструмент для перевода ДНК ExPasy
Продвинутый: регна 2
Предполагая, что расширенные запросы не показывают, что вам нужно, вы могли бы сделать некоторые полезные прогнозы, прежде чем отправлять это в лабораторию. Есть несколько других прогностических инструментов , которые могут помочь вам, если это единственный доступный вариант. Я не могу понять, какая именно информация у вас есть в качестве входных данных. Предполагая, что у вас есть последовательность ДНК, я бы начал с очевидного выбора: инструмента для перевода ДНК ExPasy .
Затем я бы сказал, что regrna 2 может направить вас в правильном направлении в отношении более тонких элементов перевода.
Резонирующий