сопоставление идентификаторов

Это называется сопоставлением идентификаторов. Раньше это было головной болью, поскольку программный доступ был единственным реальным способом, но в наши дни это довольно тривиально.

Как упоминалось в комментариях, безусловно, самый популярный и простой способ — использовать загрузчик списков Uniprot для сопоставления . Соответствующую публикацию можно найти здесь . Вы должны преобразовать имя гена в идентификатор базы знаний Uniprot.

Программный доступ

Пользовательский веб-интерфейс Uniprot будет работать с тысячами идентификаторов, но может привести к ошибкам для запросов, превышающих 10 000 идентификаторов. В этом случае программные запросы, вероятно, лучше. Я немного изменил это из документов Uniprot , чтобы идентификаторы запрашивались по одному, чтобы избежать ошибок, связанных с превышением размера запроса. Код Python будет:

import urllib,urllib2

list_to_convert = ["CHRNB2", "EGR2", "GCK", "KRT14", "LMNA", "FGF3", "TK2", "ABCC8"]
url = 'http://www.uniprot.org/mapping/'

print "From To"
for i in list_to_convert:
    params = {
    'from':'GENENAME',
    'to':'ACC',
    'format':'tab',
    'query':i
    }

    data = urllib.urlencode(params)
    request = urllib2.Request(url, data)
    contact = "" # Please set your email address here.
    request.add_header('User-Agent', 'Python %s' % contact)
    response = urllib2.urlopen(request)
    page = response.read(200000)
    print page.splitlines()[1] #Ignores the header line returned by uniprot

Результат этого выглядит так:

From    To
CHRNB2  A0A096MXS8
EGR2    A0A096P554
GCK     A0A021WXA1
KRT14   A0A024R1X6
LMNA    A0A096MQV4
FGF3    A0A096NXI3
TK2     A0A096NJ58
ABCC8   A0A088S7J5

для biomart перейдите по ссылке ниже
http://central.biomart.org/converter/#!/ID_converter/gene_ensembl_config_2

Также есть еще один конвертер, который я нашел довольно полезным
http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php#biodb