Я хотел бы узнать о каких-либо публикациях, посвященных сравнительной силе исследований GWAS у разных видов. Например, я видел отчеты, в которых говорится, что генотипирование и GWAS у пород собак намного мощнее, чем у людей, из-за степени неравновесия по сцеплению и других соображений популяционной генетики. Некоторые утверждают, что многие исследования GWAS на собаках в 10-20 раз мощнее, чем многие исследования GWAS на людях. Я также слышал о подобном случае от голубей (голубеномиков). Я хотел бы знать, есть ли другие сравнения для других видов и относительная сила открытий для исследований GWAS по сравнению с человеком. Например, есть ли цифры для дрожжей, Drosophila sp. , C.elegans , рыбок данио, а также для таких растений, как кукуруза, рис и т. д.?
Частично увеличение способности обнаруживать генетическую ассоциацию с помощью GWAS-генотипирования происходит за счет длинных гаплотипов. Многие породы собак прошли через узкие места селекции 100-200 лет назад. Многие лабораторные модельные организмы, такие как мухи, черви и растения, имеют рекомбинантные инбредные линии, которые также помогают в открытии GWAS. Цена, которую приходится платить за эту повышенную мощность, скажем, для GWAS для собак, заключается в невозможности определить случайный вариант. Обнаруженные ассоциативные SNP могут находиться очень далеко от гена, ответственного за фенотип, из-за такого длительного LD.
Еще одним аспектом, которым нельзя пренебрегать, является фенотип. У людей может быть 3-кратный диапазон фенотипа p , в то время как у собак это значение составляет всего 35% (1,35x). Это может означать, что фенотип трудно измерить (точно) и отнести к данному аллелю со статистической достоверностью.
Третьим аспектом, который следует учитывать, является размер эффекта ассоциации, скажем, на основе аллеля (риска).
Таким образом, хотя я не знаю каких-либо статей, конкретно рассматривающих такие элементы, как длина гаплотипа, диапазон фенотипа и размер эффекта, в анализе силы GWAS у разных видов, я чувствую, что человек, разбирающийся в генетике выбранного организма, может легко выполнить это для конкретная интересующая черта (признаки).
вопрос выглядит так, будто он какое-то время бездействовал, но я думаю, что здесь есть что обсудить -
Я бы сказал, что у многих (большинства?) модельных организмов сила была бы намного больше, чем у людей. Часто (черви, мыши, растения, дрожжи) можно работать с в основном изогенными инбредными линиями. Я бы сказал, что это гораздо важнее, чем длинные гаплотипы: а) что менее важно, отсутствие гетерозиготности. б) что более важно, вы можете повторно фенотипировать одну и ту же линию несколько раз, чтобы напрямую оценить экспериментальную/средовую изменчивость и получить очень точную оценку фактического Е (фенотип | генотип). это противоположно людям, где у вас есть один человек, поэтому вам просто нужно молиться, чтобы ваши экспериментальные / экологические вариации были низкими, а ваша наследуемость высокой в выборочной популяции.
Например, всего для 100 инбредных линий растения вы получаете массивные красивые пики GWAS для многих фенотипов: Atwell et al. 2010 . Размеры выборки GWAS человека обычно должны составлять 1000, прежде чем они будут достаточно мощными (ссылка) .
Эта тема обсуждается немного подробнее здесь .
Что касается длинных гаплотипов, обратите внимание, что мощность и точность картирования — разные вещи. То есть ваша способность обнаруживать ассоциацию может быть чрезвычайно высокой, но у вас может быть очень широкий хромосомный интервал, в котором вам затем придется искать каузальный локус. Обратите внимание, что эта проблема может быть на самом деле хуже с большими эффектами, которые, вероятно, находятся в процессе отбора, если они интересны, и, таким образом, вероятно, существует существенное неравновесие по сцеплению между причинным локусом и окружающими областями. Конечно, если величина эффекта невелика (как правило, у людей, но не у других организаций), это не так важно.
719016