Каково типичное расположение амплифицированных генов в геноме архей?

Я должен проверить, амплифицируются ли некоторые гены с помощью инструментов биоинформатики, но для этого мне нужно знать, что это означает с биологической точки зрения.

Кажется, это не так сложно понять, на самом деле определение от NIH просто следующее:

Амплификация гена — это увеличение количества копий последовательности гена. Раковые клетки иногда производят несколько копий генов в ответ на сигналы от других клеток или их окружения. Этот термин также может относиться к полимеразной цепной реакции (ПЦР), лабораторному методу, который используется учеными для амплификации последовательностей генов в пробирке.

Итак, мой вопрос: если у меня есть полная последовательность ДНК генома организма, который я изучаю (например, эта ), который принадлежит домену Archaea, то, что я должен сделать, чтобы проверить амплификацию гена, это посмотреть, соответствует ли последовательность гена ( что я подозреваю, что это усиливается) повторяется больше раз ?

Я благодарю вас заранее.

Не могли бы вы прояснить несколько моментов, чтобы задать целенаправленный вопрос по биологии, а не по биоинформатике. (Конечно, вопрос по биоинформатике приемлем, но по одному — как работает этот сайт. Это два разных вопроса.) Когда вы говорите «как амплификация генов присутствует в геноме», что вы имеете в виду? Вы имеете в виду, как это происходит механистически или какую функцию оно может выполнять? И было бы хорошо сказать, интересуют ли вас прокариоты (как кажется) или эукариоты, потому что ситуации в этих двух случаях довольно разные.
@David, хорошо, я исправлю это, но под «как амплификация генов присутствует в геноме» я имею в виду, как выглядит последовательность ДНК генома после амплификации генов ... поэтому меня не интересует, как это происходит механически или какую функцию она может выполнять (если только это не нужно, чтобы понять, что я хочу знать)... поэтому в последовательности, которую я связал, должен ли я просто найти последовательность гена больше раз, если он был амплифицирован?
Я ценю лингвистические проблемы использования английского слова «как» для не носителей языка (французский, немецкий и итальянский, а не испанский, который, как я полагаю, не слишком отличается). Использование, которое вы использовали, кажется логичным (= «как амплифицированные гены расположены/расположены в геноме?»), но никогда не используется. Возможно, я бы написал что-то вроде: «Каково типичное расположение амплифицированных генов у бактерий, особенно тех признаков, которые можно рассматривать как показательные (или сигнатуры) амплификации?». Это не моя конкретная область, иначе я бы ответил.
Большое спасибо @David за предложения

Ответы (1)

Вы спросите: «Итак, в последовательности, которую я связал, должен ли я просто найти последовательность гена больше раз, если он был амплифицирован?»

Да. Есть много способов, как естественных, так и искусственных, чтобы получить больше копий определенного гена или генов без пропорционального увеличения копий других генов в клетке. Таким образом, не существует общепринятого расположения амплифицированных генов.

Один из аспектов, о котором следует подумать, — это критерии определения того, являются ли два заданных гена копиями одного и того же гена или двумя разными генами.

Спасибо за ваш ответ, но я не понимаю, когда вы говорите. Один аспект, о котором следует подумать, - это критерии определения того, являются ли два заданных гена копиями одного и того же гена или двумя разными генами , потому что, если они имеют одинаковую последовательность, они должны быть, конечно же, не так ли?
Я добавил новый пост, посвященный только второму вопросу, поэтому, если вы хотите посмотреть здесь biology.stackexchange.com/questions/101133/… , вы сможете лучше понять, что я имел в виду. Извините за эти скачки :)
@Manuela Re: «если у них одинаковая последовательность, они обязательно должны быть одинаковыми, верно?» Верно, но многие (наиболее вероятные) процессы, приводящие к амплификации генов, приведут к мутациям в одной или нескольких копиях либо сразу, либо с течением времени. Например, дублированный сегмент хромосомы может изначально иметь одни и те же гены, но при отсутствии сильного отбора они со временем будут расходиться. Может быть, копии все еще функционируют так же, а может быть, и нет.
Спасибо ! Все гораздо сложнее, чем я думал. Есть ли критерии для установления, если они являются копиями одного и того же гена, как вы упомянули в ответе? И, кроме того, не могли бы Вы подсказать какие-нибудь книги или материал, более подробно поясняющий то, что Вы сказали мне в ответе (так о том, что мы должны видеть в последовательности генома разные копии дуплицированного гена)?
@Manuela Моя точка зрения - это дублирование генов у млекопитающих в течение эволюционного времени, поэтому я бы привел пример чего-то вроде «Эволюция генов обонятельных рецепторов в геноме человека» doi: 10.1073/pnas.1635157100 и последующая работа. Ваша перспектива кажется гораздо более краткосрочной (а не эукариотической!), поэтому что-то вроде «Усиление бактериального гена: значение для эволюции устойчивости к антибиотикам», Nat Rev Microbiol. 2009 авг; 7 (8): 578-88. doi: 10.1038/nrmicro2174 может быть более интересным.
Каково типичное расположение амплифицированных генов в геноме архей?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v