Я хочу изучить свойства Pyrococcus Furiosus выживать при гамма-облучении, используя анализ данных секвенирования ДНК в качестве биоинформатического исследования. Прежде чем научиться анализировать такие данные, я хотел взглянуть на некоторые работы, которые уже были сделаны. Я нашел эту интересную статью: Секвенирование генома генетически управляемого штамма Pyrococcus furiosus выявило высокодинамичный геном .
Я думаю, что это может быть хорошей отправной точкой. Тем не менее, мне нелегко понять всю статью, и я подозреваю, что источник этих трудностей в основном связан с тем, что я не знаю, что означает «генетически управляемый штамм Pyrococcus Furiosus ».
Поискав в Google, я нашел эту статью: Систематическое уклонение от барьера ограничения-модификации у бактерий , в которой объясняется:
Бактерии, сопротивляющиеся генетическим манипуляциям с использованием современных методов in vitro, называются генетически не поддающимися лечению. Генетическая неподатливость является фундаментальным препятствием для прогресса, которое препятствует фундаментальным, синтетическим и трансляционным исследованиям и разработкам в области микробиологии, выходящим за рамки нескольких модельных организмов. Наиболее распространенными основными причинами генетической неуправляемости являются системы рестрикционных модификаций (RM) , повсеместные механизмы защиты от ксеногенной ДНК, которые препятствуют использованию генетических подходов у подавляющего большинства бактерий и проявляют изменчивость на уровне штамма. Здесь мы описываем системный подход к преодолению систем RM.
Затем он также сообщает, что:
Штамм, который не поддается изменению своего генома или введению новой генетической информации в процессе генной инженерии, называется генетически не поддающимся лечению .
Поэтому из этого краткого объяснения у меня есть представление о том, что значит генетически неуправляемый . Но мне все же интересно, почему в первой статье, которую я упомянул, ученые должны были быть заинтересованы в секвенировании такого генома (генетически управляемого) и в сравнении его с тем, который был секвенирован первым (так называемый эталонный штамм ) ? Кроме того, что означает генетически послушный?
Действительно, в случае первой статьи сообщается следующее описание:
Из видов Pyrococcus лучше всего охарактеризован P. furiosus, первый выделенный (19) и первый, геном которого был секвенирован (49). Этот организм был изучен с помощью многочисленных подходов, основанных на «-омике», включая транскриптомику путем тайлинга (59) и ДНК-микрочипов (14, 35, 51, 54, 57), сравнительную геномику (8, 33, 60), протеомику (32). , 42), металломика (11) и структурная геномика (25). Во многих отношениях он стал одним из модельных гипертермофилов, статус которого в последнее время поддерживается развитием генетической системы организма (37). Это было основано навыделение варианта в популяции лабораторного штамма, обозначенного COM1, который был высокоэффективен в поглощении и рекомбинации экзогенной ДНК как в кольцевой, так и в линейной формах. Штамм COM1 был получен путем целенаправленного разрушения гена pyrF. локус (PF1114) с использованием плазмиды, предназначенной для рекомбинации с двойным кроссинговером (37).
Затем они делают следующее:
Последовательность генома COM1 теперь определена, и сравнение с опубликованной последовательностью эталонного штамма P. furiosus (49) (NC_003413) выявило удивительно большое количество изменений.
Таким образом, я не понимаю (как в случае с этой статьей, так и в общем случае), что значит генетически поддающийся (описания, данного в статье, мне недостаточно для понимания) и почему нам интересно делать выравнивание между последовательность эталонного генома и геном генетически податливого штамма ?
Извините, если мой вопрос может быть тривиальным, но мои биологические данные очень плохи. Я привел выдержки из статей, потому что они дают мне представление об ответе, но, честно говоря, я не до конца их понял. Поэтому, если бы вы могли объяснить мне и эти выдержки, было бы здорово. Заранее спасибо.
Вы уже в основном получили представление о «генетически податливом»: если мы можем легко модифицировать геном организма с помощью известных методов, то он генетически податлив.
Конечно, это движущаяся цель, потому что набор доступных методов постоянно расширяется, так что это скорее прагматическое определение, чем таксономическое определение. Однако это очень важное понятие, потому что гораздо сложнее изучать организм или разрабатывать приложения, если вы не можете манипулировать его геномом. Если вы можете манипулировать генетикой, то вы можете создавать нокаутирующие штаммы, вводить новые функциональные возможности и применять множество других мощных и полезных биологических методов.
Итак, теперь к последней части вопроса: если у вас теперь есть послушный штамм, зачем сравнивать его с эталонным штаммом? Ну, если вы работаете над разработанными приложениями, вам, вероятно, это действительно не нужно (кроме любопытства). Однако, если вы хотите использовать послушный штамм для изучения исходной, эталонной формы организма, вам нужно знать их различия в деталях, чтобы иметь некоторое представление о том, насколько велики ваши результаты, полученные при манипуляциях с послушным штаммом. напряжения, скорее всего, информируют вас о понимании эталонной формы.
Мануэла
Джейкбил
Мануэла
Мануэла
Мануэла
Джейкбил