конституция области чтения и гена (IGV)

Я работаю с файлами fastq, содержащими чтения NGS для некоторых участков ДНК человека. Эталонный геном - hg19. У меня было два файла fastq (парные). Я создал файлы выравнивания BAM. Я использовал "bwa" и samtools, чтобы найти возможную область целевого гена (chr7:55,242,376-55,242,574,). Это соответствует области гена EGFR.

Вот скриншот области гена

А вот и скриншот области праймера

У меня также есть список праймеров и обратных праймеров:

FORWARD
1. TTGCCAGTTAACGTCTTCCTTCTCTCTCTG
2. CCCTTGTCTCTGTGTTCTTGTCCCCCCCA
3. TGATCTGTCCCTCACAGCAGGGTCTTCTCT
4. CACACTGACGTGCCTCTCCCTCCCTCCA

REVERSE
1. GAGAAAAGGTGGGCCTGAGGTTCAGAGCCA
2. CCCCACCAGACCATGAGAGGCCCTGCGGCC
3. TGACCTAAAGCCACCTCCTTA
4. CCGTATCTCCCTTCCCTGATTA

И у меня есть адаптеры

ADAPTORS 1
AAGACTCGGCAGCATCTCCA

ADAPTORS 2
GCGATCGTCACTGTTCTCCA

Я должен ответить на следующие вопросы:

1) Какова структура каждого прочитанного (адаптер+праймер+амплифицированная область)? Прямой праймер очевиден и соответствует первому праймеру в списке.

TTGCCAGTTAACGTCTTCCTTCTCTCTCTG

Итак, почему у нас есть три других праймера? Я не понимаю. А как же правильная обратная грунтовка?

По-видимому, это комплементарная последовательность концевой области

GAGAAAAGGTGGGCCTGAGGTTCAGAGCCA

Наконец, какой адаптер используется?

Является ли [АДАПТОР1 - ПРАЙМЕР1 - УСИЛЕННАЯ ОБЛАСТЬ] правильным ответом? Есть ли другие возможности?

2) % прочтений, отображающих геном человека? а как же без карты?

Не могли бы вы дать мне некоторые подсказки о том, как ответить на этот вопрос.

Мне просто нужны некоторые подсказки, я хочу сделать это сам.

Спасибо большое за помощь.