Я понимаю, что идентификация химерной последовательности выполняется в результатах проектов секвенирования, чтобы удалить их и улучшить качество вывода. Я не уверен, как они проявляются во время секвенирования. Любое объяснение приветствуется.
Химерные последовательности часто появляются в проектах секвенирования, и вам всегда нужно следить за ними. Они часто появляются по нескольким причинам.
Во-первых, секвенсоры не идеальны и генерируют последовательности с ошибками. Кроме того, они производят много данных, но часто недостаточно. Обычно в сборке последовательности есть тонкие участки - области, которые не очень хорошо покрыты.
Когда ошибка секвенирования совпадает с пробелом в секвенировании, два конца выравнивания последовательности могут совпадать с двумя несвязанными или отдаленными сегментами последовательности, создавая сборку выравнивания, состоящую из двух несвязанных частей - химеру.
Это особенно актуально при прогонах EST и RnaSeq, где длинные последовательности каркасов и более высокий охват могут не помочь так сильно. Это также оказывает влияние на секвенирование хромосом. Есть некоторый интерес в том, как часто загрязняющая ДНК включается в результаты секвенирования .
Мое понимание химерных последовательностей состоит в том, что они образуются в результате встраивания двух разных кДНК (обычно от разных видов) в основу, такую как pUAST, для создания белка, который частично принадлежит одному виду, а частично — другому виду. Иногда вы хотите сделать это, потому что, например, лиганд для рецептора, скажем, у дрозофилы, очень трудно произвести, но лиганд для рецептора млекопитающих легко доступен, поэтому ученые делают следующее: они присоединяют кДНК человека, соответствующую внеклеточной стороне рецептор к межклеточной части рецептора дрозофилы дрозофилы. Теперь вы можете внутриклеточно активировать рецептор дрозофилы, используя человеческий лиганд для рецептора. Я никогда не видел/не слышал о химерных последовательностях in vivo, и это просто не Это кажется возможным, но я предполагаю, что при просмотре данных секвенирования видов, которые не являются полностью последовательностями, может произойти то, что поисковые системы говорят, что конкретная последовательность принадлежит другому виду, который вы секвенировали. Это связано с тем, что база данных попытается найти наиболее близкое совпадение с последовательностью. NCBI BLAST, например, может это сделать, но обычно он дает вам процент совпадения/вероятности последовательности. В противном случае я не уверен, что вы имеете в виду под словом «секвенирование проектов». Не могли бы вы привести пример/ссылку? NCBI BLAST, например, может это сделать, но обычно он дает вам процент совпадения/вероятности последовательности. В противном случае я не уверен, что вы имеете в виду под словом «секвенирование проектов». Не могли бы вы привести пример/ссылку? NCBI BLAST, например, может это сделать, но обычно он дает вам процент совпадения/вероятности последовательности. В противном случае я не уверен, что вы имеете в виду под словом «секвенирование проектов». Не могли бы вы привести пример/ссылку?
тердон
тердон