У меня есть вопрос, который я хотел бы задать сообществу. Недавно я получил доступ к настольному секвенатору ДНК ионного потока. Наша идея состоит в том, чтобы использовать эту машину для секвенирования ДНК из опухолей пациента, чтобы определить варианты лечения. Моя работа состоит в том, чтобы составить список всех используемых в настоящее время противоопухолевых препаратов вместе с их известными мишенями (т. е. конкретными генами и мутациями) и инвентарными номерами. Я хотел бы поместить эти данные в таблицу, в которой каждая строка соответствует другому препарату.
Например, строка в таблице может выглядеть так (названия столбцов указаны в скобках): [болезнь] рак молочной железы, [препарат] трастузумаб, [мишень препарата] рецептор HER2/neu, [ген] ERBB2, [местоположение] chr17:37844393 -37884915, [тип мутации] амплификация, [номер доступа] ENSG00000141736. Затем патологоанатомы смогут использовать эту базу данных для выбора подходящих генов для секвенирования всякий раз, когда они получают образец опухоли. Если опухоль пациента имела амплифицированный ген ERBB2, ему можно было назначить трастузумаб.
В настоящее время наше исследование находится на стадии предварительного планирования (т. е. мы не будем тестировать его на пациентах в ближайшее время). Я был бы признателен, если бы кто-нибудь мог дать мне совет о том, как создать такую базу данных. Я знаю об онлайновых базах данных, включая COSMIC, Sanger's Cancer Gene Census и базу данных Potential Drug Target (PDTD), но в них нет всего, что я ищу. Я знаком с R и могу использовать его для объединения данных из нескольких источников, если это необходимо. Если у кого-то еще есть комментарии или предложения для дальнейшего чтения, которые также будут оценены. Спасибо!
Примечание. Этот вопрос также был задан на форуме Research Gate: http://www.researchgate.net/topic/Cancer_Biology/post/Looking_for_a_cancer_drug_target_database_to_guide_sequencing_of_patient_tumor_DNA .
Не уверен, что секвенирование экзома подходит для такого рода задач, особенно если у вас есть представление о мутациях, которые вы, возможно, ищете. Текущие массивы довольно производительны, намного быстрее и дешевле.
Для получения данных вы можете взглянуть на Атлас генома рака . В противном случае Biological Networks может предоставить вам API для вас, если вы не боитесь немного поработать с Java, чтобы связать его с R.
Идеальных источников этой информации в открытом доступе пока нет. Тем не менее, есть три, которые делают действительно хороший прогресс. Первый — это миокацергеном у Вандербильта. Они были одним из первых ресурсов, разместивших такую информацию в сети. Они, как правило, довольно строги в отношении уровня доказательств и типов аберраций, которые встречаются на веб-сайте. Однако я не уверен, что вы можете программно получить доступ к этой информации. Второй ресурс — это https://pct.mdanderson.org , разработанный в MD Anderson. Это действительно хорошие ресурсы, правда, только для горстки генов, хотя и одних из наиболее часто мутирующих. Я не вижу программного доступа к информации. Третий ресурс и наиболее перспективный для сообщества — база данных CIVIC:https://civic.genome.wustl.edu/#/home. Это краудсорсинговый ресурс, предназначенный для агрегирования мутаций, связанных с раком, в лекарства, фенотипы и исходы. Я настоятельно рекомендую этот сайт и призываю не только потреблять данные, но и участвовать в комментариях. Как кто-то, кто принимал наркотики для генома, соответствует паре советов. Изменения на основе ДНК являются лучшим доказательством для сопоставления. Если вы делаете РНК, будьте немного осторожнее в сопоставлении на основе механизма «является мишенью». Поэтому ранжируйте изменения, основанные на ДНК, выше РНК. Кроме того, просто начните с мишеней для наркотиков в качестве заполнителей, но постарайтесь получить информацию об изменениях, связанных с реакцией на наркотики. Таким образом, изменения в мишени для наркотиков могут быть (и часто) пассажирами, а не водителями, и в этом случае они не будут реагировать на наркотики. Частота в других опухолях и мутации в важных доменах являются хорошими ориентирами для сортировки подобных вариантов. Также важна информация о заболевании и мутациях. Если мутация варианта лекарственного средства наблюдается при одном заболевании, то могут существовать механизмы, присущие другому типу опухоли, которые препятствуют взаимодействию лекарственного средства с ассоциацией вариантов при другом типе опухоли. Наконец, следует учитывать механизм действия препарата. Некоторые лекарства, которые поражают одну и ту же цель, действуют по разным механизмам, что может препятствовать их назначению в контексте определенных мутаций. Удачи в ваших начинаниях. Если мутация варианта лекарственного средства наблюдается при одном заболевании, то могут существовать механизмы, присущие другому типу опухоли, которые препятствуют взаимодействию лекарственного средства с ассоциацией вариантов при другом типе опухоли. Наконец, следует учитывать механизм действия препарата. Некоторые лекарства, которые поражают одну и ту же цель, действуют по разным механизмам, что может препятствовать их назначению в контексте определенных мутаций. Удачи в ваших начинаниях. Если мутация варианта лекарственного средства наблюдается при одном заболевании, то могут существовать механизмы, присущие другому типу опухоли, которые препятствуют взаимодействию лекарственного средства с ассоциацией вариантов при другом типе опухоли. Наконец, следует учитывать механизм действия препарата. Некоторые лекарства, которые поражают одну и ту же цель, действуют по разным механизмам, что может препятствовать их назначению в контексте определенных мутаций. Удачи в ваших начинаниях.
Рори М
jp89
Александр Галкин
Бобтеджо
Стив Лианоглу
Александр
Александр
Кристиан Х