Количество рибосомной РНК в клетке дрозофилы

Я выделяю РНК из мозга личинок дрозофилы методом TRIzol . Какой процент выделенной РНК будет рибосомной РНК? Меня интересует только мРНК, поэтому я пытаюсь понять, нужно ли мне избавляться от рРНК. Спасибо

Процент чего ? Общая клеточная масса/объем? Всего фрагментов РНК? Всего нуклеиновых кислот?
Отношение рибосомной РНК к общей РНК, если перефразировать.
Хорошо, пожалуйста, измените свой вопрос на что-то вроде «Я извлекаю РНК с помощью метода X, какой процент выделенной РНК будет рибосомным?» Проценты также будут зависеть от метода, используемого для извлечения РНК.

Ответы (1)

Протокол, который вы используете , оставит в образце не только рРНК, но и некодирующую РНК.

Многие протоколы РНК будут разделять мРНК по аффинности носителя к хвосту полиА . Этот протокол ссылается на более раннюю статью, в которой оценивается, что только 5% РНК составляет мРНК . Я был бы удивлен, если бы это соотношение изменилось более чем в 2-3 раза у дрозофилы.

Я предполагаю, что %age указан по весу, но это может быть измерение денситометрии, которое интерпретируется аналогичным образом.

Спасибо! В качестве последующего вопроса: думаете ли вы, что огромное количество рРНК повлияет на мои дальнейшие эксперименты, такие как RT-qPCR? Меня интересуют только мРНК.
Я не делал КПЦР. Я бы без колебаний сравнил несколько стандартных протоколов, чтобы получить лучший образец. Глядя на пару протоколов количественной ПЦР, вы правы, я вижу, что используются только препараты триазола. ПЦР довольно эффективна, если праймеры специфичны. Еще немного домашней работы перед экспериментом вам не помешает :)
Количество рибосомной РНК в клетке дрозофилы
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v