Пару оснований секвенирования мРНК из сайта полиаденилирования?

50-75 б.п. может быть достигнуто.

Ссылка на Руководство по подготовке проб РНК TruSeq® v2. Моя лаборатория использовала случайные праймеры, и длина считывания составляла в среднем 75 п.н. для проекта секвенирования РНК. Но контроль расстояния от полиА в нашем проекте не рассматривался.

Используя праймеры oglio(dT), вы можете попытаться контролировать определенную длину хвоста полиА. В двух основных вариантах для этой реакции используются либо случайные праймеры, либо праймеры oligo(dT). Oligo(dT) праймеры имеют сильное 3'-смещение и в основном подходят для анализа численности (экспрессии) мРНК. Случайные праймеры также приводят к некоторой систематической ошибке, которую можно уменьшить путем фрагментации исходной РНК.

Источник: Сборник методов секвенирования РНК — Illumina, стр. 8.

Различная длина также может быть достигнута для различных нужд. Экспрессия генов / профилирование РНК. Для количественной оценки кодирующего транскриптома обычно требуется короткое одиночное чтение (часто 50–75 п.н.), чтобы свести к минимуму чтение через соединения сплайсинга при подсчете всех РНК в пуле.

Анализ транскриптома. Новые проекты по сборке и аннотации транскриптомов, как правило, выигрывают от более длинных чтений с парными концами (например, 2 x 75 п.н.), чтобы обеспечить более полный охват транскриптов и идентификацию новых вариантов или сайтов сплайсинга. Считывание парных концов требуется для получения информации как с 5'-, так и с 3'-концов видов РНК с помощью наборов для подготовки библиотеки Stranded RNA-Seq.

Анализ малых РНК. Из-за малой длины малых РНК одно считывание (обычно считывание 50 п.н.) обычно охватывает всю последовательность. Длина считывания в 50 п.н. соответствует большинству малых РНК, а также достаточная часть адаптера для точной идентификации и обрезки во время анализа данных.

Источник: Illumina (Соображения относительно длины считывания и охвата RNA-Seq)