Сколько РНК-связывающих белков может одновременно связываться с одной мРНК?

См. эту бумагу . Они изучили RBP-защищенные сайты во всем транскриптоме человека путем перекрестного связывания РНК с белком с последующим расщеплением РНКазой и секвенированием: PIPseq.

На рисунке 1 статьи показано распределение защищенных белком сайтов в РНК. Они также соотносят его с различными областями мРНК и ее экспрессией.

Они показывают количество защищенных белком сайтов (PPS) на транскрипт, но, на мой взгляд, это неправильная метрика. Число должно быть нормализовано с длиной транскрипта, чтобы получить плотность защищенных сайтов. Из рисунка 4 (см. ниже) вы можете приблизительно оценить, что средняя плотность PPS близка к 0,6, что означает, что ожидается, что 60% любой РНК будет связано с белком.

Рисунок 4

Другие моменты, которые следует отметить:

• Высокотранслированные мРНК будут иметь несколько рибосом на своих CDS и, вероятно, будут более защищены.
• Секвестрированные РНК в стрессовых гранулах также будут иметь высокую плотность PPS.
• След разных RBP будет разным. Таким образом, количество белков, которые могут связываться с мРНК, будет различаться в разных RBP.

Дальнейшее чтение:

• http://dx.doi.org/10.1186/gb4153
• http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2012.04.031
• http://dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2012.05.021