Строго говоря, каково определение кДНК? Меня это смущает, поскольку обычно говорят, что это относится к ДНК, комплементарной мРНК. Это верно? Ограничен ли он зрелой мРНК?
Я также нахожу направленность очень запутанной. Насколько я понимаю, мРНК имеет последовательность, эквивалентную (за вычетом интронов после сплайсинга) так называемой «кодирующей цепи» ДНК. Означает ли это, что кДНК, полученная из мРНК, по крайней мере до обработки ДНК-полимеразой, также комплементарна исходной геномной ДНК? Является ли это лучшим определением (я также видел его использование, хотя первое определение кажется гораздо более распространенным).
Наконец, как я понимаю, каждая хромосома имеет прямую и обратную цепи, определенные условно, но эта «кодирующая» цепь данного гена случайна. Это кажется нелогичным... это просто потому, что обе нити эквивалентны? Вводит ли это сложности с точки зрения того, что клетка «знает», какая нить является кодирующей нитью для гена?
Самый популярный ответ на этот вопрос ( http://www.biostars.org/p/3423/ ) еще больше смутил меня. В ответах я чувствую то же, что и Onefishtwofish. Кто-нибудь может прояснить?
Это хороший вопрос, и он меня тоже смутил.
Стандартное определение кДНК состоит в том, что это двухцепочечный (дц) продукт зрелой мРНК. Я полагаю, что зарождающуюся цепь РНК можно скопировать в кДНК, но я никогда не слышал об этом.
Поскольку кДНК представляет собой двухцепочечную ДНК, исходная цепь создается из вашей мРНК в качестве комплементарной цепи, но затем вы избавляетесь от РНК и создаете вторую цепь, чтобы получить стабильную воспроизводимую молекулу. Полная молекула двухцепочечной ДНК — это то, что мы называем кДНК (а не отдельная нить этого материала).
рассмотрим эту упрощенную молекулу ДНК:
АТГ-ИНТРОН-CTCTAG
TAC-INTRON-GAGATC
это может быть транскрибировано в следующую мРНК (соответствует Met-INTRON-Leu-Stop):
АВГ-ИНТРОН-КУКУАГ
перед ядерным экспортом интрон удаляется, образуя зрелую мРНК:
АУГКУКУАГ
вы делаете кДНК из этого:
ATGCTCTAG
ТАКГАГАТК
Итак, у вас есть как кодирующая, так и комплементарная цепь в вашей кДНК.
Что касается направленности на хромосоме, гены могут быть в любом направлении (это означает, что они могут использовать любую цепь в качестве кодирующей), но помните, что силы, которые способствуют транскрипции, определяются только локально (сборка факторов транскрипции и т. д.) и оплачиваются. не обращая внимания на то, в каком направлении они идут или на какой нити они находятся по сравнению с любым другим геном. Нити помечены как положительные и отрицательные, но это просто ссылка для ориентации. Хорошим местом для просмотра генома человека (или другого вида) является программа просмотра карт NIH . Нажмите на хромосому, чтобы увидеть сопоставленные с ней гены. Обратите внимание, что столбец с надписью «O» предназначен для ориентации.