Связь между цепями ДНК и мРНК

Кодирует ли смысловая или антисмысловая цепь ДНК полипептидный продукт? Я в замешательстве, потому что я знаю, что антисмысловая цепь является матрицей для мРНК, но у нее есть антикодоны, поэтому я не знаю, как эта цепь может быть кодирующей. Итак, что меня смутило, так это то, что когда вы получаете код аминокислоты, вы можете посмотреть на цепь мРНК, которая совпадает со смысловой цепью, за исключением того, что урацил заменяет тимин, поэтому я подумал, что смысловая цепь могла кодировать для аминокислота вместо антисмысловой цепи (вопрос, который я искал, задавался, является ли это антисмысловой или смысловой цепью)

Я пытался очистить ваш вопрос и его заголовок, но, как вы говорите, вы запутались, как и ваш вопрос. Я постараюсь ответить на него.
Антисмысловая/некодирующая цепь ДНК как матрица для РНК-полимеразы => мРНК (идентична смысловой/кодирующей ДНК, за исключением T -> U). Если бы смысловая/кодирующая цепь ДНК была матрицей для РНК-полимеразы, вы получили бы мРНК, идентичную антисмысловой/некодирующей ДНК (опять же, за исключением T -> U). Вы бы этого не хотели...
Как насчет: «Если бы смысловая/кодирующая цепь ДНК была матрицей для РНК-полимеразы, вы бы получили мРНК…» это могла бы быть «рестрикционная» РНК, способная блокировать соответствующую «положительную» РНК, как это делает «отрицательная» РНК. существуют в человеке. На самом деле, положительные/отрицательные значения для смысла/анти-смысла или кодирования/шаблона кажутся «хорошими терминами» только в том случае, если вы увлекаетесь вирусами.

Ответы (2)

Я бы добавил это как комментарий к вашему вопросу, но у меня недостаточно репутации. Простой взгляд на Википедию (которая является очень хорошим источником для общих вопросов, подобных этим) дал бы вам ответ. Я просто сделал это, чтобы посмотреть, сколько времени это займет, если я не знаю ответа. Это было секунд 20-30.

Синтез белка: транскрипция

При транскрипции создается цепочка мРНК с одной нитью двойной спирали ДНК в геноме в качестве матрицы. Эта нить называется нитью шаблона.

Прядь шаблона

Только одна из двух цепей ДНК служит матрицей для транскрипции. Антисмысловая цепь ДНК считывается РНК-полимеразой от 3'-конца к 5'-концу во время транскрипции (3' → 5').

Если я правильно понимаю ваше замешательство, вы также не понимаете, как кажущаяся «некодирующей» цепь может быть «кодирующей», что кажется парадоксом. Если это адекватно описывает ваше замешательство, вы должны думать о полуконсервативной репликации ДНК. «Некодирующая»/антисмысловая цепь транскрибируется РНК-полимеразой в комплементарную ей последовательность РНК. Поскольку эта последовательность комплементарна «некодирующей» цепи ДНК, последовательность мРНК идентична (где U заменяет T) «кодирующей»/смысловой цепи ДНК.

Я не думаю, что ваши ссылки на Википедию самые полезные по двум причинам. Во-первых, спрашивающий спрашивает о терминах «смысл» и «антисмысл», для которых есть конкретная страница Википедии, тогда как те, на которые вы ссылаетесь, относятся к чему-то, что называется «шаблонной» нитью, которая не является термином в вопросе. Во-вторых, схема транскрипции на этих страницах совершенно ужасна: слишком сложная, с ненужной и запутанной трехмерностью (которая, конечно, не имеет отношения к действительности). Простые диаграммы более честны и понятны.
Я не согласен. @Мария уже сказала, что в ее (и я тоже так вижу) представлении антисмысл и шаблон соответствуют. Я не большой поклонник концепции смысловых и антисмысловых цепей ДНК и нахожу кодирование по сравнению с некодированием более интуитивным (хотя хорошо, что вы упомянули об этом). Тем не менее, она использует термин «шаблон» в вопросе, поэтому я считаю более естественным использовать этот термин, чтобы помочь ей с ее замешательством (как я это понял). К вашему второму замечанию: я думаю, что она уловила процесс транскрипции - поэтому мне не очень понравились диаграммы. Тем не менее, точка взята.
— Афиша изменила свой вопрос, и я изменил свой ответ. Однако я бы сказал, что я думаю, что термин «шаблон» является особенно опасным для использования в этом контексте. Вкратце это происходит потому, что 1. тот факт, что лингвистически шаблоны производят копию, тогда как в лучшем случае создается обратное дополнение; 2. Цепи ДНК на самом деле являются матрицами для своих комплементарных цепей, а не мРНК или белка. Я добавлю более длинный аргумент об этом в свой ответ, когда у меня будет немного времени.
Ссылаясь на ваш аргумент о бактериальном геноме, я бы сказал, что термин «шаблон» является лучшим термином для использования, поскольку как смысл / антисмысл, так и кодирование / отсутствие стержня, как вы говорите в своем ответе, являются относительными терминами. Матрица может представлять собой обе эти нити в зависимости от гена. Однако вы правы в том, что нужно пояснить, что копия является обратным дополнением , а не идентичной . К вашему второму замечанию: я бы сказал, что нити ДНК являются шаблонами как для ДНК, так и для РНК. Ждем ваших аргументов.
«Нити ДНК являются шаблонами для ... ДНК» только тогда, когда ДНК копируется в ДНК для деления клеток (ДНК-полимераза)? - Если бы вы уменьшили разницу между ДНК и РНК, которая является всего лишь некоторым «ОН», вы могли бы подумать об м-РНК и кодирующей ее ДНК как о «копиях», тогда как разница между двумя цепями ДНК в их комплементарности выглядела бы возмутительной.

Сначала вы спрашиваете о «смысловых» и «антисмысловых» цепях ДНК. Эти термины объясняются в справочнике Википедии под названием «Sense strand» . В нем говорится то, что вы, кажется, уже знаете, что:

«Смысловая цепь — это цепь ДНК, имеющая ту же последовательность, что и мРНК, которая использует антисмысловую цепь в качестве своей матрицы во время транскрипции…»

Транскрипция производит обратный комплемент транскрибируемой цепи ДНК, точно так же, как антисмысловая цепь ДНК является обратным комплементом смысловой цепи ДНК. Таким образом:

5' ...ATGTTT...TAA... 3' : DNA sense strand

3' ...TACAAA...ATT... 5' : DNA anti-sense strand (template for transcription)

5' ...AUGUUU...UAA... 3' : mRNA (translated)

N     MetPhe...End    C : Protein

Квалификация использования «Sense strand»

Существует опасность использования «смысловой нити» мышления или намека на то, что она относится ко всей ДНК — в конце концов, описание кольцевой бактериальной ДНК состоит в том, что она состоит из двух нитей. Однако гены в бактериальной ДНК не имеют одинаковой направленности, поэтому можно (и нужно) говорить только о смысловой цепи ДНК, специфицирующей конкретный ген .

Неблагоприятные альтернативы «Смысловой цепи» 1: Кодирующая цепь

В своем первоначальном вопросе вы переключились с разговора о смысловых и антисмысловых цепях на разговор о кодирующих и некодирующих цепях ДНК, хотя позже вы удалили это. Я бы возражал против такого использования. Именно мРНК выполняет кодирование и фактически транслируется в белок. ДНК можно рассматривать как смысловую или нет только с точки зрения концептуального перевода. На практике он служит либо шаблоном для транскрипции , либо его дополнением. Существует также проблема, заключающаяся в том, что если вы называете противоположную цепь «некодирующей», возможна путаница с использованием этого термина для нетранслируемых областей (кодирующей) мРНК.

Неблагоприятные альтернативы «Смысловой нити» 2: Матричная нить

Мне не нравится использование «шаблонной нити», потому что первоначальное и основное использование «шаблона» по отношению к ДНК — это репликация (а не информационное содержание). Кроме того, при использовании в связи с потенциалом кодирования белка мне не сразу очевидно (и я бы сказал любому, кто впервые приступает к этой теме), какая нить ДНК будет рассматриваться как «шаблон».

В английском языке термин «шаблон» обычно означает образец, форму или шаблон, используемый в качестве руководства для создания объектов аналогичной формы. Его внедрение в молекулярную биологию нуклеиновых кислот повлекло за собой тонкое изменение значения, поскольку изделие, полученное из матрицы ДНК (первоначально цепочка продукта — ДНК), имело не ту же форму, что и форма, а дополнение к ней. Однако правила комплементарности основ означали, что информация в оригинале была сохранена (способом, несколько аналогичным тому, что происходит на печатной форме), и метафора прижилась, поскольку она передавала ясное значение. Следует подчеркнуть, что это значение относилось к репликации и транскрипции ДНК. Таким образом, поколения студентов-биохимиков читают такие тексты, как Berg et al. что:

Для ДНК-полимераз требуется матрица и праймер

(тогда как для РНК-полимеразы требуется только матрица). Кроме того, они могли прочитать (например, в Википедии ), что:

ДНК состоит из двойной спирали из двух цепей, и каждая нить исходной молекулы ДНК служит шаблоном для производства комплементарной цепи…

Так что, если вы начнете говорить о шаблонной цепи ДНК, у вас уже будут проблемы.

Но что бы это значило по отношению к транскрипции мРНК? Здесь это антисмысловая цепь ДНК, определяющая ген, который физически служит матрицей для мРНК. Однако многим может показаться нелогичным называть это цепочкой шаблона, так что те, кто использует этот термин, на самом деле не могут договориться, как это сделать. Цитирую С. Маллоя :

«…одна школа утверждает, что цепь, скопированная в мРНК, должна считаться матрицей, а другая школа утверждает, что противоположная нить, отражающая последовательность в мРНК, должна считаться матрицей, потому что соответствующие кодоны копируются в белок».

Очевидно, что более разумно использовать слова «смысл» и «антисмысл».

Я обновил свой ответ в свете обновленного вопроса.
Я завершил свои рассуждения о терминологии. Немного OTT, но вам не нужно их читать, чтобы прочитать мой ответ.
Отдавать предпочтение «смыслу», кажется, соответствует догме Крика, рассматриваемой как концепция «генетического кода». Под кодом подразумеваются триплеты, то есть белок, который может быть «смыслом жизни», концом, к которому течет информация. Лингвистически «кодирование» имеет меньшее значение для деятельности, чем для шаблонов.
Может быть, какой-то действительный (связанный) вопрос: ссылаясь на «можно (...) говорить только о смысловой цепи ДНК, определяющей конкретный ген», показывает ли «Окасаки», что полимераза всегда читается от '3 до '5, следовательно "смысл" - от '5 до '3, таким образом, речь о конкретном гене определяет направление этой конкретной последовательности кодонов. Есть только ген, хромосомы нет. Причем, "ген" имеет направление 5-3! Термин «смысл» может означать «направление», кодон может означать белок. И: правила промоутера/праймера?!
Связь между цепями ДНК и мРНК
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v