Я пытаюсь найти потенциальные водородные связи между донорами водорода и акцепторами ароматического кольца. Я делаю это, предсказывая расположение атомов водорода в остатках, а затем вычисляя, насколько далеко эти атомы водорода находятся от ароматических колец. Если определенный водород составляет <7,0 ангстрем от определенного ароматического кольца, то я принимаю это во внимание: я формирую вектор NH, который является вектором, создаваемым рассматриваемым водородом и азотом в основной цепи остатка, которому принадлежит водород. к. Я проверяю, что этот вектор NH указывает на плоскость ароматического кольца, а также проверяю, что точка пересечения между плоскостью ароматического кольца и вектором NH находится в пределах 6 ангстрем от центра ароматического кольца.
Если все эти условия соблюдены, то я считаю это водородной связью между водородом и ароматическим кольцом. Однако мои данные должны быть неверными, потому что я вижу ситуации, когда водород <1,0 Ангстрем от плоскости ароматического соединения. Атомы не должны быть так близко друг к другу.
Я тщательно протестировал свой метод вручную, используя пример ситуации, когда мой код определил, что один из водородов боковой цепи на ASN находится на расстоянии 0,3 ангстрема от плоскости ароматического TRP. К сожалению, багов найти не удалось. Вы можете найти PDF-файл этой проверки здесь .
Буду очень признателен за любые предложения о том, как мой метод может быть ошибочным.
если вы используете ЯМР-структуры, вы можете совершить ошибку, используя несколько наложенных друг на друга структур - было бы неплохо для начала разработать рентгеновские структуры с разрешением менее 2,0 А.
Некоторые из моделей с низким разрешением могут быть небрежными, но представленные после 1994 года или около того, не будут иметь каких-либо межцентровых расстояний, поскольку именно тогда в рентгеновских структурах должны строго использоваться молекулярные модели, а не только электронная плотность, и странные стерические нарушения в структуре. быть редким.
Тем не менее, это может быть и правильно — водород может быть направлен прямо в центр ароматического кольца. Это наблюдалось совсем немного. В таком случае расстояние от атома до плоскости кольца может быть очень маленьким.
Вам нужно только беспокоиться, если расстояние между центрами между атомами меньше радиуса Вандер-Ваальса. Я бы отфильтровал расстояние от центра атома до центра и посмотрел, видите ли вы нарушения.
Ксандер Данн
Томас Ингаллс