Как я могу оценить гидрофобность и/или поверхностный заряд белка?

Как следует оценивать белковые поверхности с точки зрения свойств гидрофобности и поверхностного заряда поверхности.

В частности, я хочу сравнить гидрофобные пятна или поверхностный заряд между двумя белками, например, из последовательностей .pdb или Fasta.

Цель состоит в том, чтобы изучить механизм адсорбции белка в контексте очистки белка.

Вы использовали пимол?
Да, но показывает ли пимол численное значение процента общей гидрофобности поверхности, например?
Да. Вы можете рассчитать доступную для растворителя поверхность как часть общей поверхности. Хотя я не совсем уверен, что такое «общий процент гидрофобности поверхности».
Я внес некоторые изменения в ваш вопрос, чтобы он больше касался биологических концепций, а не «какой инструмент лучше».

Ответы (2)

Поскольку у вас есть структуры, лучшим вариантом, на мой взгляд, является Pymol.

Гидрофобность

Откройте Пимол . Загрузите белок по вашему выбору. Загрузите color_h.py — скрипт из Университета Осаки, который окрашивает остатки в соответствии со шкалой гидрофобности Айзенберга. Загрузите это в Pymol с помощью File->Run->PATH/TO/color_h.py. Затем в Pymol выполните следующие команды

  1. show surface

  2. color_h

введите описание изображения здесь

Обратите внимание, что сценарий можно отредактировать, чтобы использовать любые гаммы, которые вам нравятся. @mimat указывает вам на protscale , и я бы посоветовал то же самое. Шкала Айзенберга — довольно старая шкала консенсуса. Более современные шкалы могут быть более подходящими в вашем случае.

Чтобы начать количественную оценку этого, в Pymol есть инструменты, например, для расчета доступности растворителя.

введите описание изображения здесь

Кроме того, PDBSum и PDBe-PISA могут оценить площадь поверхности, доступную для растворителя.

Поверхностный заряд

Вакуумная электростатика

Самый быстрый и простой способ генерировать электростатику — использовать встроенные вакуумные электростатические инструменты. В Pymol выберите файл action button (A)->generate->vacuum electrostatics->protein contact potential.

введите описание изображения здесь

АБПС

Поскольку встроенная электростатика Pymol делает много предположений, для публикации лучше всего получить гораздо более точную количественную карту поверхности. Тем не менее, ABPS немного сложнее. Прочтите вики, если это больше похоже на то, что вам нужно.

Я думаю, вы после protscale . Это дает вам целую кучу вариантов, чтобы предсказать, как ваш белок будет «вести себя» для очистки ВЭЖХ и гидрофобности, скрытых остатков и т. д.

Protscale — отличный инструмент для анализа последовательности. Поскольку у нас есть структуры, я думаю, что есть более надежные способы поиска биохимически интересных участков поверхности, которые используют преимущества имеющихся у нас знаний о 3D.
Полностью с вами согласен, ваш ответ точно даст более достоверную и полную картину гидрофобности. Опять же, это также зависит от объема белков, которые вам нужно проанализировать, поскольку постер спрашивал об очистке, вам часто нужно что-то быстрое и грязное для множества разных целей.
Я понимаю. Хорошая точка зрения!
Как я могу оценить гидрофобность и/или поверхностный заряд белка?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v