Может ли оценка вероятности того, что белковые последовательности примут функциональные ферментативные складки, показать, что жизнь слишком сложна для временных масштабов эволюции?

Знакомый дал мне эту статью 1 . Я не могу точно понять, о чем речь.

Мой знакомый сказал, что это доказывает, что время образования даже простейших белков находится в большем масштабе времени, чем история эволюции (миллиарды лет).

Я спрашиваю вас, можно ли сделать такой вывод из этой статьи? Что в этой статье может привести кого-то к такому выводу?

  1. Axe, DD (2004) Оценка распространенности белковых последовательностей, принимающих функциональные ферментативные складки. Дж. Мол. биол., 341, 1295–315. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15321723
Кроме того. Насколько я понимаю, этот человек считал линейный перебор нуклеотидов. Насколько я понимаю, это неправильно, потому что алгоритмы генетики и эволюции оптимизированы для полного перебора.
Я ценю то, как вы сформулировали свой вопрос с точки зрения уместности, и добрую волю человека, который дал вам ответ, но это действительно неуместный вопрос. Основная причина в том, что он непонятен в том виде, в каком он есть. Во-первых, нужно отправиться в другое место, чтобы прочитать статью (которая находится за платным доступом), а во-вторых, в статье (по крайней мере, в кратком изложении) не упоминается эволюционное время. Таким образом, мы не знаем, какой аргумент приводит ваш знакомый. Итак, с неохотой я голосую за закрытие вопроса, если только вы не сможете отредактировать его, чтобы сделать его полностью автономным.
@James - я не возражаю против того, чтобы Elsevier взимал плату за то, что есть. Ваш язык - другое дело. Даже если бы статья не была защищена платным доступом, этот вопрос не подходит для SE Biology, поскольку он требует, чтобы человек прочитал статью, а затем представил себе отношение к ней третьей стороны. Если вы задаете подобные вопросы, их тоже следует закрывать. Рекомендации по составлению вопросов достаточно ясны.
@David Я задавал подобные вопросы о скептическом анализе выводов, сделанных из статей. Его, конечно же, не следует закрывать из-за бессовестных платных сетей Elseviers. Часто тезисы не включают некоторые наблюдения, особенно длинные технические статьи с продвинутыми и тонкими методами, подобными этому. +1 хороший вопрос.
@David В этом случае рекомендации по вопросам не совсем ясны. Это можно рассматривать как вопрос о кодах , однако я думаю, что сложные методы действительно исключительны, и вопрос о том, могут ли они сделать вывод X, сделанный из них, является правильным вопросом. Мы расходимся во мнениях относительно права собственности Elsevier (по закону они владеют ею, но я сторонник открытого доступа), но вы правы; ты проиграл, когда начинаешь ругаться!
Вы можете найти полезный анализ статьи здесь: pandasthumb.org/archives/2007/01/92-second-st-fa.html .

Ответы (2)

Я думаю, что ваш знакомый пытается подогнать реальную науку под какие-то свои личные убеждения (заведомо неверные).

Если вы прочитаете статью, то увидите, что речь идет вовсе не об эволюции, а о сворачивании белка и о том, какая пропорция возможных последовательностей дает рабочий белок. Оказывается, случайные последовательности вряд ли будут сворачиваться, что позволяет сделать некоторые выводы о возможных мутационных путях свернутых белков.

Аргумент вашего друга в некотором роде аналогичен теореме о бесконечных случайных обезьянах. Если посадить обезьяну за пишущую машинку и подождать достаточно долго, в конце концов она напишет полное собрание сочинений Шекспира. Это не значит, что мы ждали миллиарды лет, пока эта обезьяна напечатает это, потому что мир так не устроен. Был просто парень с мозгами.

В случае белков эволюция не работает путем создания новых (случайных) 300 белков-остатков, которые работают 1 раз на миллиард. Вероятно, в одном поколении создается копия белка с той же функцией, и в течение многих поколений функция этого белка дрейфует в сторону новой функции, а все промежуточные белки остаются свернутыми, потому что они не так уж отличаются.

Для получения дополнительной информации об авторе статьи (Дугласе Эксе) см., например, rationwiki.org/wiki/Douglas_Axe . Мое личное мнение, что статья выглядит интересной при беглом просмотре, но за ней может скрываться некоторая повестка дня.
Также из вики: сам Акс говорит, что его работа не поддерживает разумный замысел. Так что может быть конфликт интересов, но данные в статье в любом случае ничего не доказывают относительно эволюции.

Выводы из статьи.

Последняя строка в статье должна быть прочитана первой, так как она четко указывает, какое место статья занимает в научной литературе.

Таким образом, если воссоздание складки путем упорядоченной сборки секций последовательностей, которые уже приняли эту складку, не является простым делом, создание новых складок из частей старых может быть гораздо менее осуществимым, чем предполагалось.

В то время была популярна гипотеза о том, что некоторые складки возникли в тот или иной момент из существенно разных складок.

В этой статье использовался продвинутый статистический анализ (ну, они запутанные, не особенно продвинутые...) с использованием очень упрощенной и неопределенной модели, чтобы показать, что химерная теория генезиса складок маловероятна. В то время это была критика этой модели, и она не стремилась показать, сколько времени потребовалось эволюции, чтобы создать складку.

Это невероятно важный вопрос, на который нужно ответить. Эта статья, вероятно, была принята, потому что она показывает подлинную попытку количественно оценить вероятность общей гипотезы. Однако почти каждый шаг их метода вводит чрезмерное упрощение, произвольные пороги и свертки биологии. Насколько я понимаю, единственное, что газета может сказать с уверенностью, это «что в небольшом подмножестве простых складок с кучей предостережений и условий вероятность того, что складка образовалась таким образом, может быть меньше, чем думают другие люди».

Что ваш друг извлекает из этого.

Было бы невероятно сложно, многие философы сказали бы, что это невозможно, доказать, как образовались складки. Но построить множество различных научных гипотез и опровергнуть их как можно больше — это более достижимо. Это, вообще говоря, научный метод, и данная статья в целом придерживается этого направления мысли.

В этой статье говорится: «Нынешняя гипотеза, безусловно, не может быть правильным методом! Посмотрите, насколько это маловероятно». и ваш друг сделал из этого вывод: «Ученый сказал, что потребуется больше времени, что доказывает , что эволюции требовалось больше времени, чем было». Простое недоразумение; ученый сказал, что у модели есть проблемы, неспециалист подумал, что это означает, что проблемы были правдой. Статья не преследует цели что-либо доказать (автор может быть особенно осторожен в этом, учитывая его тесные связи с движениями разумного замысла), но я думаю, что ваш друг может неправильно использовать статью, чтобы что-то доказать!