Может ли секвенирование ДНК пищевых продуктов дать количественную оценку фракции белка курицы по сравнению с соей?

Ссылаясь на обновление вопроса три года спустя, я включу дополнительные цитаты из той же статьи в New York Times.

«В образце не было амплифицируемой ДНК тунца, поэтому мы не получили продуктов амплификации ДНК», — говорится в электронном письме. «Поэтому мы не можем идентифицировать вид».

Представитель лаборатории предложил небольшой анализ. «Есть два вывода, — сказал он. «Во-первых, он настолько сильно обработан, что все, что мы смогли вытащить, мы не смогли идентифицировать. Или у нас есть немного, и там просто нет ничего тунца». (Subway отказалась комментировать результаты лабораторных исследований.)

При любом тестировании необходимо учитывать основные предостережения. После приготовления тунца его ДНК денатурируется, а это означает, что характерные свойства рыбы, вероятно, были разрушены, что затрудняет, если не делает невозможной, идентификацию.

Хотя этот вопрос находится где-то между биологией, химией и наукой о продуктах питания, использование количественного анализа ДНК в качестве косвенного показателя для оценки относительных белковых фракций двух разных видов (в данном случае растений и млекопитающих), вероятно, является актуальным здесь, учитывая, что это биологи, которые изобрели, используют и интерпретируют результаты амплификации ДНК и анализа секвенирования и могут лучше всего говорить об их правильном использовании и потенциальных проблемах, когда они используются вне принятых ими протоколов.

Я сам не являюсь биологом по образованию, поэтому я не могу авторитетно заявить, что, начиная с пищевого продукта, растительные и животные компоненты которого могли быть получены из разных мест на Земле, обрабатывались по-разному, затем объединялись и подвергались дальнейшей обработке, включающей значительные колебания температуры ( приготовление пищи) и по pH существенно отклоняются от принятых протоколов количественного анализа ДНК, но у меня есть сильное подозрение, что это, вероятно, так.

Как отметил в комментарии @BryanKrause, основная специализация рассматриваемой лаборатории заключается в идентификации животных — принадлежит ли туша, кусок мяса или рыбы заявленным видам или нет, и это похвальная услуга. Но использование относительных фракций ДНК в одном образце готовой пищи в качестве косвенного показателя относительного вклада белка выходит далеко за рамки такого рода услуг и, насколько мне известно, нигде не является общепринятой практикой.

Ars Technica — популярный источник технических новостей, который, по крайней мере, на мой взгляд, отлично справляется с подведением итогов научных тем, когда они их освещают. В дополнении к статье Subway публикует данные после того, как ученые взвешивают 50% куриного теста [обновлено], они обобщают опубликованную информацию из двух независимых лабораторий с использованием « методологии ELISA, разработанной для пищевых продуктов для количественного определения сои в цыпленке ». ELISA представляет собой количественный анализ . метод, который можно использовать для непосредственного измерения присутствия различных белков и который не использует ДНК в качестве прокси.

Обновление от 6 марта: Subway опубликовала лабораторные отчеты обоих независимых тестов. Как Maxxam Analytics в Онтарио, Канада, так и Elisa Technologies, Inc. во Флориде использовали твердофазный иммуноферментный анализ (ИФА), разработанный для пищевых продуктов, для количественного определения содержания сои в курице. ELISA представляет собой стандартный тип анализа, который обычно обнаруживает и количественно определяет вещества на основе связывания антителом. В анализе связывание антител запускает обнаруживаемую химическую реакцию, обычно приводящую к изменению цвета. В случае с Elisa Technologies лаборатория использовала антитело, которое связывается с белками соевой муки, и лаборатория использовала известные концентрации этих соевых белков для сравнения, чтобы определить количество соевого белка в образцах курицы Subway.

Во всех образцах Элиза обнаружила 3 ​​части на миллион или меньше соевых белков, что значительно ниже одного процента куриного белка. Maxxam обнаружил в курице 5,3 ppm соевого белка, что все еще значительно ниже одного процента . (выделение добавлено)

Я сейчас прочитал статью. Они не включают/не показывают стандартную кривую, так что относитесь к ней с недоверием.

Можно провести изотопный анализ углерода , чтобы отличить растительный углерод от животного в выделенной белковой фракции.

Кроме того, вы также можете провести количественную масс-спектрометрию и найти пептиды животного или растительного происхождения.

Если вам нужны как количество клеток, так и содержание белка в известных мишенях, есть причудливая масс-цитометрия , которая может это сделать.

При этом ИМХО: секвенирование ДНК, вероятно, хорошо и определенно надежно. Если вы установите стандартную кривую (смешайте сою и курицу в известных соотношениях и секвенируйте ее ДНК), то это, вероятно, самый простой/дешевый способ сделать это. Без стандартной кривой, тестирующей это, вы не можете сделать окончательный вывод.

Также из статьи NPR; анализ других источников мяса быстрого питания показал более низкие соотношения ДНК сои, при этом Subway был исключением. Это важное различие. Впоследствии Subway заявила, что это 100% курица, что вводит в заблуждение после того, как ранее заявляла, что соя используется в качестве стабилизатора.