почему и как сообщается о множественных аллелях во время вызова вариантов в vcf?

В вашем примере 4-й столбец содержит эталонный аллель в данной позиции. Не сказано, что в вашем образце это есть. 5-й столбец содержит все альтернативные аллели, найденные в данной позиции.

Какие аллели присутствуют в вашем образце, указано в последнем столбце 1/2. Это означает, что у вас есть один аллель с первым значением в 5-м столбце и один аллель со вторым значением, указанным в 5-м столбце. Вы видите, что в вашем образце есть ровно аллели, но ни один из них не является эталонным. На это будет указывать a 0.

Vcf может содержать несколько столбцов, представляющих данные об аллелях для нескольких образцов. Я также не вижу причин, по которым вы не могли бы представить данные образца тетраплоида в vcf. Можно также иметь смесь организмов в одном образце, например, смешанную популяцию бактерий. Если бы вы могли заставить своего вызывающего SNP вызывать триаллельный SNP, формат vcf справился бы с этим.

Другая возможность, которую я могу себе представить, заключается в том, что формат предназначен для учета неоднородности между отдельными ячейками в образце и неизбежных ошибок секвенирования.

Если вы секвенируете образец из организма, который (в основном) имеет два аллеля в локусе (например, A и G), все еще могут быть отдельные клетки, которые имеют C или T в этом локусе, а также могут быть ошибки секвенирования, приводящие к C или T в чтениях, которые на самом деле были A или G. Тогда формат VCF все еще мог бы представлять вызовы с низкой вероятностью в дополнение к вызовам с более высокой вероятностью.