Говоря о типах генетических маркеров, часто используют прилагательные «доминантный» и «кодоминантный». Я не до конца понимаю их определения и нашел противоречивые определения.
Фолл и Гаджиотти (2008)
Обычно читая из Фолля и Гагиотти (2008) , они приводят два примера маркеров каждого типа.
реддит
Этот пост на Reddit указывает на то, что RFLP являются кодоминантными маркерами (в отличие от того, что указано в Foll and Gagiotti (2008)).
вагинингенур
На wakeingenur.nl (случайный веб-сайт, о котором я никогда раньше не слышал) они определяют доминантные и кодоминантные маркеры на основе экспрессии генов, предполагая, что термины доминантный и кодоминантный, используемые для маркеров, имеют то же определение, что и термины, используемые для аллельных эффектов на фенотип (доминирование, рецессивность, гипердоминантность и др.).
Вопросы
Каковы определения доминантных и кодоминантных генетических маркеров?
Не могли бы вы привести примеры для каждого типа и объяснить, почему они относятся к той или иной категории?
Имеют ли термины « доминантный » и « кодоминантный » одно и то же определение, когда они используются для описания маркера и когда используются для описания аллельных эффектов на фенотип (доминирование, рецессивность, сверхдоминирование и т. д.)?
Из википедии
Если генетический паттерн гомозигот можно отличить от гетерозиготного, то маркер называется кодоминантным.
Это определение, по-видимому, отличается от того, которое используется для объяснения аллельных эффектов. Например, как вы знаете, SNP — это, по сути, особенность последовательности ДНК. Это скорее генотип, чем фенотип. Маркеры должны быть фенотипами (также могут быть молекулярными фенотипами, например, маркером стволовых клеток и т. д.). SNP действительно создают аллельные варианты, но они могут вносить или не вносить вклад в разные фенотипы. Следовательно, аллельные варианты могут проявлять доминирование или кодоминирование по отношению друг к другу. Таким образом, исходя из определения, используемого в классической генетике, вы не можете называть SNP «доминантным»/«кодоминантным» маркером.
Это странное использование терминологии, но люди сделали это, так что дело не может быть отменено. Я бы избегал в будущем использования таких вводящих в заблуждение терминов. Сказав, что SNP подходит под определение «кодоминантного маркера», если он наблюдается с помощью секвенирования ДНК.
Лично я считаю RFLP техникой, а не маркером как таковым . ПДРФ можно использовать для дифференциации SNP, но иногда он может даже не разрешать различные ярко выраженные фенотипы (его эффективность в основном зависит от полиморфизма в сайтах рестрикции). Однако гетерозиготы будут иметь другой рисунок полос по сравнению с гомозиготами. Так что это должен быть «содоминантный» маркер.
AFLP, насколько мне известно, представляет собой просто ПЦР-амплификацию рестрикционных фрагментов. По тем же причинам это было бы «содоминантным». Однако простой скрининг на основе ПЦР не позволил бы различить гомозиготы и гетерозиготы и, таким образом, был бы «доминантным» маркером. Опять же, это методы, а не «маркеры», в то время как SNP и микросателлиты являются реальными особенностями ДНК. Так что их даже сравнивать нельзя. Техника, в зависимости от ее разрешения, может быть «доминантной» или «содоминантной» в соответствии с этими определениями.
Для общего интереса
Я хотел бы повторить, что эти определения, по некоторым причинам, упомянутым выше, весьма несовершенны и поэтому вводят в заблуждение (они могли быть хороши в определенный момент времени, но сейчас устарели). Пожалуйста, избегайте их использования в своих статьях и отчетах и, если возможно, укажите на эти недостатки, чтобы они не распространялись.
Реми.б
WYSIWYG
Реми.б