Почему вирус не «живой»?

Недавние новости об открытии нового сверхмассивного вируса заставили меня задуматься о том, как мы определяем вирусы как неживые организмы, хотя они больше, чем бактерии, и намного сложнее, чем мы предполагали вначале.

Какие биологические различия между вирусами и клеточными организмами заставили вирусы считаться неживыми?

Вас также может заинтересовать этот пост [ biology.stackexchange.com/questions/1842/… . Это касается происхождения вирусов.

Ответы (7)

Если эта тема вас действительно интересует, я бы посоветовал поискать статьи/обзоры/мнения, написанные Дидье Раулем. Рауль — один из первых первооткрывателей массивного мимивируса , и его работа приведет вас к поистине увлекательным дискуссиям, которые я не надеялся воспроизвести здесь.

Основной аргумент в пользу того, почему вирусы не живут, в основном уже был сказан. Вирусы являются облигатными паразитами, и, хотя многие паразиты действительно живут, вирусы отличаются тем, что они всегда полагаются на хозяина в плане механизмов для репликации. Паразитический червь может нуждаться в хозяине, чтобы выжить, используя хозяина в качестве источника энергии, но червь производит и синтезирует свои собственные белки, используя свои собственные рибосомы и связанные с ними комплексы.

Это в основном то, к чему это сводится. Без рибосом? Не живу. Одним из преимуществ этого определения, например, является то, что это позитивный отбор (у всех «живых» есть рибосомы), который исключает такие вещи, как митохондрии, которые находятся как бы на границе других определений. По обе стороны есть примеры того, что нарушает любое другое правило, но не это. Другим распространенным правилом является метаболизм, и хотя в большинстве случаев этого достаточно, некоторые живые паразиты утратили метаболическую активность, полагаясь на энергию своего хозяина.

Однако (и это действительно интересно) даже определение рибосомы немного шатко, особенно потому, что были обнаружены вирусы, кодирующие такие вещи, как их собственные тРНК. Вот несколько моментов для размышления:

  • У нас есть организмы, кодирующие рибосомы (REO), так почему мы не можем определить вирусы как организмы, кодирующие капсид (CEO)?
  • Сравнивать вирусы с живым организмом, таким как человек, абсурдно, учитывая огромные различия в сложности. Вирус, на самом деле, является просто переносчиком или генетическим материалом, и правильнее было бы сравнивать его со сперматозоидом. Жива ли сперматозоид или это упаковка генетического материала, способного к жизни после того, как он заразил/оплодотворил другую клетку?
  • Действительно большие ДНК-вирусы часто создают цитоплазматические особенности, называемые вирусными фабриками. Они очень похожи на ядро. Что вообще такое ядро? Может быть, это просто очень успешный ДНК-вирус, который никогда не исчезал.
  • Вирусы могут получить вирусы .

Я закончу здесь, но достаточно сказать, что, хотя наше нынешнее определение, возможно, какое-то время было достаточным и до сих пор подходит, оно уже не совсем твердое. В частности, существует упомянутая выше теория о том, что сама эукариотическая жизнь на самом деле образовалась благодаря вирусам. Я могу расширить это, если хотите, но вот несколько замечательных источников:

Бойер М., Ютин Н., Панье И. и др. 2009. Гигантский марсельвирус подчеркивает роль амеб как плавильного котла в появлении химерных микроорганизмов. ПНАС . 106(51):21848-21853 ( http://dx.doi.org/10.1073/pnas.0911354106 )

Клавери, Дж. М. Вирусы занимают центральное место в клеточной эволюции. 2006. Биология генома . 7:110. ( http://dx.doi.org/10.1186/gb-2006-7-6-110 )

Огата Х., Рэй Дж., Тойода К. и др. 2011. Два новых подсемейства белков восстановления несоответствия ДНК (MutS), особенно распространенных в морской среде. Журнал ИСМЕ . 5:1143-1151 ( http://dx.doi.org/10.1038/ismej.2010.210 )

Рауль, Д. и Фортер, П. 2008. Новое определение вирусов: уроки мимивируса. Природа Обзоры микробиологии . 6:315-319. ( http://dx.doi.org/10.1038/nrmicro1858 )

Скола, Б., Десню, К., Панье, И., и др. Вирофаг как уникальный паразит гигантского мимивируса. 2008. Природа . 455:100-104 ( http://dx.doi.org/10.1038/nature07218 )

Одна поправка: по предложенному определению митохондрии живы, потому что у них есть рибосомы. (См., например, Свойства митохондриальных рибосом человека ).
Там закодирована рРНК в митохондриях, но все рибосомные белки являются ядерными.
Я пришел, чтобы перечитать это и был очарован снова и снова! Отличный ответ.

Это только вопрос определения. Вы можете установить границы между живыми существами и неживыми существами где угодно.

Некоторые философы утверждали, что использование четкой границы между живыми и неживыми вещами — не такое уж хорошее решение. В природе скорее был бы континуум от камня к бактериям.

Это правда, что, думая о таких вирусах, как Лозаннский вирус или Марсельский вирус, мы могли бы захотеть интегрировать их в категорию живых существ. Эти вирусы гигантские, и даже могут паразитировать на других вирусах.

Вирусы состоят из белков и содержат нуклеиновые кислоты (РНК или ДНК). Если вы считаете, что они живые, что вы скажете о вироидах? Вироид — это всего лишь нуклеиновая кислота, способная заразить хозяина и вызвать репликацию самой себя. А прион? Прион — это белок, действие которого, грубо говоря, такое же, как и у вироида.

Я думаю (следует проверить литературу, я могу ошибаться), что есть вид паразитоидной осы, которая производит из своего собственного генома вирусы, которые снижают иммунную систему хозяина, чтобы сделать гусеницу подходящей средой обитания для яйца. Жив ли этот вирус? Это не просто токсин осы?

Я предполагаю, что одна из причин, по которой вирусы считаются неживыми, заключается в том, что мы не знаем, как разветвить их на древе жизни! Кто-то может возразить, что вирусы вовсе не образуют монофилетическую группу.

Есть несколько человек, занимающихся вопросом «что живое». К сожалению, лучшая книга, которую я знаю по этому вопросу, принадлежит французской литературе; это Комментарий définir la vie? Берсини и Рейссе . В этой области наиболее популярными авторами являются Варелла и Матурана. Опять же, если я не ошибаюсь, определения жизни весьма различны у философов, людей, интересующихся происхождением жизни, и людей, ищущих определение, подходящее для внеземной жизни.

Хорошие рассуждения на этот счет есть и в самом начале очень красивого эссе Жака Моно «Le hasard et la nécessité», где он говорит об отличии «природных» (живых) объектов от человеческих артефактов.
только вопрос "определения"? не кажется. Это вопрос, на который мы не знаем ответа... поэтому мы пытаемся угадать его различными способами. Никакая догадка не может считаться верной.
Косвенный вопрос в основном звучит так: «Что такое «жизнь»?». Другими словами, это вопрос определения «жизни». Иногда есть естественная категория, которая хорошо соответствует нашей интуиции, а иногда нет. Я бы сказал, что это не «жизнь», но я согласен, что это вопрос, открытый для обсуждения (в основном в философии). Однако это ничего не меняет в том, что речь идет об определении жизни. Термин «жизнь» не существовал до человека, и его предстоит открыть. Очевидно, что придавать смысл термину — выбор человека.

Я согласен с уже данными ответами, это причины того, что вирусы не считаются живыми. Я хочу отметить, однако, что это не та область, в которой вы находите 100% согласие; есть приличная группа биологов, которые считают вирусы живыми. Я бы сказал — полностью на основании личных наблюдений — что сами вирусологи чаще всего заявляют, что вирусы живы.

Эта статья и эта статья из журнала Scientific American частично освещают дебаты, если вы хотите узнать больше.

Знаете ли вы какую-либо конкретную литературу, продвигающую определение вируса как живого существа? Мне было бы любопытно это прочитать.
@nico: я обновил свой ответ парой ссылок.

Существует довольно много различных определений того, что значит быть «живым», но общее включает в себя потребность в реакции, росте, обмене веществ, преобразовании энергии и размножении (найдено в Британской энциклопедии ). Вирусы зависят от клеток-хозяев, чтобы делать все это, поэтому, если рассматривать их отдельно как вирус вне клетки-хозяина, они не являются живыми.

Есть еще одна короткая, но по существу запись в блоге об этом.

Аккуратный ответ, но я не удовлетворен. Есть много паразитов (и симбиотов), которые полагаются на хозяина в биологических процессах, поэтому я не уверен, охватывает ли это такую ​​нишу таксономии. Я также не согласен с тем сообщением в блоге о «пассивных» химических реакциях. В этом случае мы все не живые, так как все наши клетки просто пассивно осуществляют реакции друг с другом.
Но паразиты, симбионты и многоклеточные организмы размножаются и действуют (не только реагируют). Как я уже сказал, существуют разные определения жизни. Но большинство из них согласны с тем, что для того, чтобы называться живым, организм должен соответствовать хотя бы одному из критериев (некоторые определения также включают больше критериев на выбор, например, когда я учился в школе, движение было в учебниках). Насколько мне известно, вирусы не подходят, но паразиты подходят. И насколько известно науке. «Жизнь» — критическая точка, ее трудно определить как с научной, так и с философской точек зрения.
@GoodGravy, большинство реакций в живых организмах активны , поскольку они специально регулируются ферментами. Реакций, связанных с репликацией вируса, нет, или они используют ферменты клетки-хозяина.
@BrandonInvergo, это не совсем так. Многие вирусы кодируют белки, которые регулируют репликацию вируса. Фактически это основная часть цикла репликации многих вирусов, определяющая раннюю/поздную или литическую/лизогенную активность во время инфекции. Многие другие вирусные белки представляют собой ферменты, которые специфически расщепляют или модифицируют как вирусные белки, так и белки хозяина. Вирусы часто играют очень активную роль в собственной репликации.
Интересно. Я исправляюсь!

Несмотря на отличные ответы от Amory и Remi.b, я хочу подчеркнуть следующее: постоянно ведутся споры об определении жизни, потому что «жизнь» не существует в реальном мире .

Люди ищут такое определение жизни, которое удовлетворяло бы интуитивному представлению о том, что должно означать «жить». Они чувствуют, что, скажем, внутриклеточных паразитов следует считать живыми, но (скажем) только в том случае, если они имеют оболочку, как у риккетсий , а не в том случае, если они просто вирус, или просто молекула РНК, как вироид .

Хотя у людей есть встроенная интуиция, которая, например, надежно классифицирует тигра как живого, а камень как неживого, эта интуиция не может быть точно ограничена определением, которое удовлетворяло бы всех. В физическом мире существуют структуры материи, выходящие за пределы ясной области интуитивного понимания жизни, и это приводит к постоянным, неразрешимым спорам о том, каким должно быть точное определение жизни и что оно должно включать.

Понятие жизни сложное, но не «нереальное» или «ложное».
@AlwaysConfused, я считаю, что споры об определениях «жизни» - это только споры о том, как определить слово, а не споры о характеристиках фактического расположения физических объектов и о том, как они взаимодействуют. Нет сомнений в том, что и вирусы, и риккетсии являются «репликаторами» (то есть существами, которые размножаются в подходящей среде), а также в том, что у вирусов нет липидной мембраны, а у риккетсий есть. Споры о «жизни» — это всего лишь одно из определений: «Включая вирусы». «Нет, не надо». "Да, делай!" "Нет, не надо!" ...
Я не комментировал определение вируса как живого или неживого. Я прокомментировал ваше утверждение: «Жизнь — это не то, что существует в реальном мире». Жизнь и ее главная характеристика, сознание вовсе не так просты. Если кто-то вонзает меч в ваше тело, это правда, что вы кричите из-за химических реакций в форме неврологических вычислений, также верно, что вы кричите от «боли». Наука может справедливо объяснить это вычисление, но не боль. Но это не делает эту боль нереальной или ложной. это довольно неясно, как числа, формы, наборы и т. д., но оно никогда не бывает нереальным.
В строгой логике никто (пока) не может доказать, содержит ли данный-другой организм жизнь (и сознание) или нет. Мы можем просто «догадываться» по сходству (которое вы назвали «интуитивным понятием»). Если вы говорите, что в куске кирпича нет жизни (и нет сознания), а у оленя есть жизнь (и сознание), вы делаете «догадку», наблюдая сходство, такое как клеточная мембрана, цитоплазма, ДНК, дыхание и т. д. .
@AlwaysConfused Возможно, вы захотите углубить свое понимание вопроса, рассматриваемого на Philosophy.SE , поскольку у вас, похоже, есть проблемы с философией логики и философией познания.

В дополнение к хорошим ответам, данным здесь, я хотел бы предложить более интуитивный аргумент против того, чтобы вирусы были живыми.

Вирусы в какой-то момент своей «жизни» представляют собой просто фрагмент ДНК (или РНК). Считаете ли вы фрагмент ДНК живым? Если да, то живы ли транспозоны? Хромосомы живые? Как насчет синтеза фрагмента ДНК — это создание жизни? Ответ, вероятно, будет «нет» для большинства людей.

Можно утверждать, что это верно для любой клетки...
@nico извините, я не понял - как клетка может быть частью ДНК / РНК?
в какой-то момент клетка была просто фрагментом ДНК, прежде чем ее материнская клетка разделилась на две части... На самом деле важным моментом является то, что вирус не может воспроизводить себя без «помощи» какой-либо другой клетки.
@nico: Я не согласен: клетка никогда не бывает просто фрагментом ДНК, у нее всегда есть мембраны, органеллы, белки и т. д. Разделение матери-> дочери — это не создание новой клетки de novo из ДНК, а скорее процесс роста с последующим делением. Даже репликация ДНК является полуконсервативной — обе копии наполовину оригинальны, а наполовину заново синтезированы, так что ни одна из них не может претендовать на звание более оригинальной, чем другая.
@JackAidley: вирусы dsRNA также имеют полуконсервативную репликацию, так что это на самом деле не применимо ... Я просто говорю, что ваш ответ не дает объяснения, потому что вам нужно определить, что такое «жизнь». Вы не можете просто сказать: «Вирус не жив, потому что ДНК не живая», поскольку это просто вызывает вопрос: «Почему ДНК не живая?».
@nico, поэтому я написал «для большинства людей ответ будет отрицательным », то есть под большинством определений жизни. Я не знаю ни одного надежного определения жизни, в котором часть ДНК считалась бы живой. Также я полностью согласен с Джеком в том, что клетка никогда не является частью ДНК, под любым возможным определением.
@nico: Вы сказали, что клетка — это всего лишь ДНК. Это неверно; это никогда не просто ДНК.
@JackAidley: и с чего бы это? Это действительно зависит от определений, которые здесь не даются. Когда ДНК реплицируется, является ли новообразованная ДНК уже частью новой клетки? Или это часть материнской клетки? Новая клетка «оживает» только после деления? Вы не можете просто пропустить эти (и многие другие) пункты при определении того, жив ли вирус. В противном случае вы просто говорите, что вирус не жив, потому что он не жив. Не очень удобное определение...
@nico клетка имеет относительно четкое определение и должна иметь собственную мембрану. Клетка с двойной ДНК — это не 2 клетки, это одна клетка с двойной ДНК. Есть точка, в которой клетка делится и мембраны отделяются, то есть когда она становится отдельной сущностью.
Отлично, тогда смысл того, что вирус в какой-то момент является ДНК, просто не существует. Вирус без капсида - это не вирус. Вирус начинает существовать как отдельная сущность в тот момент, когда он собирает свою ДНК/РНК в капсайде, прежде чем он перестанет быть вирусом. И это не дает нам никакой подсказки о том, жив он или нет.
@nico на самом деле ты ошибаешься. Неправда, что вирус существует только тогда, когда он собран в капсид. Правильное название — вирус на всех стадиях (можете проверить определение). Когда он находится в капсиде, он называется вирион .
@Bitwise: я знаю (возможно, я недавно прошел курс вирусологии, но я все еще помню это: P), но вирион - это не вирус. Это вирион. И как бы вы это ни называли, если вы точно не определите, что такое жизнь, вы не сможете сказать, живо что-то или нет. Посмотрите на ответ Амори, чтобы найти много хороших ссылок.

Хороший вопрос; наука еще ничего не знает о том, что такое жизнь.

Да. Все, что мы обсуждаем в жизни (независимо от Ньютона, Декарта или Шредингера), находится на уровне научной фантастики или едва ли алхимии. Никто из нас на самом деле не знает, что это такое.

Наилучшей характеристикой жизни является то, что «мы, живые существа, можем чувствовать . У нас есть сознание ».

Но, увы, каждый может судить о собственном сознании. Мы не можем судить о ком-то другом или о том, что любой другой объект содержит какое-либо сознание или нет. Мы можем просто догадываться о чужом сознании по мимике (скажем, крику), поведению, полиграфам, физиологическим реакциям (дыхание, рост, старение и т. д.), усложнению, информативности, размножению, генетическому коду и тому подобному. ( https://www.youtube.com/watch?v=evQsOFQju08 , Ваш красный такой же, как мой красный? от Vsauce)

(однако живой объект может на время потерять сознание, например, когда нас усыпляют хлороформом).

Точно так же мы просто догадываемся о наличии жизни в других объектах по сложности, химическому строению (углеводы, белки, липиды, ДНК и т. д.), метаболическим реакциям и т. д. и тому же эволюционному происхождению. то же самое для нас. В строгой логике мы не можем сказать, что прекрасная летающая птица содержит жизнь и осознает, что инопланетный робот неживой, лишенный сознания. Мы можем только догадываться, но не доказывать.


По той же логике все вирусы, вироиды и прионы (организмы «пограничной зоны») (включая самые крупные вирусы) можно (и часто приходится) сравнивать с живыми организмами (такими как мы) из-за их схожей химической структуры. , генетические коды, информационное наполнение, реакция и т.д. у нас, а также вероятно того же происхождения с нами.


Существуют также причины считать все вирусы, вироиды и прионы (включая самые крупные). Я могу назвать тебя живым. Я могу назвать ваш единственный орган (скажем, руку) живым, могу назвать живой клетку. Но что мы могли бы назвать 1 белковой молекулой? Точно так же, как бетоносмесительная машина (известная как неживая), белковая молекула точно так же состоит из атомов... и ничего больше. Нет никаких доказательств существования "жизненных сил"... белковая молекула работает только за счет электромагнитных сил, тепловых столкновений и т.д. Нет никаких "признаков" жизни. Точно так же вирус, вироид или прион — это просто кусок молекулы. А для большого вируса? маленькая хижина (нежилая) : большой дом :: маленький вирус : большой вирус. Большой вирус был бы похож на большую бутылку с нуклеиновой кислотой.


Любое дальнейшее обсуждение было бы полностью основано на мнении, но, по моему мнению, лучше считать эти пограничные организмы живыми из-за более обоснованной логики, такой как

  1. Они похожи с нами по химическому строению, генетическому коду бла-бла-бла...

  2. Вероятно, они имеют такое же происхождение, как и мы.

  3. Инертные структуры, такие как семена растений, если содержат жизнь, то по той же логике мы можем представить себе жизнь в вирионах и т. д.

  4. Мы нашли разный уровень паразитизма у живых организмов, таких как АТФ-паразиты (забыл пример и сейчас не могу найти), и считаем их живыми. Так почему же мы не будем считать «протоплазма-паразита» живым организмом?

Есть что-то непонятное или неправильное?
Практически никто не ограничивает понятие жизни понятием сознания. Хотя термин «сознание» не является единым определением, с которым согласны все, использование определения сознания большинства людей исключает 99,9999% существ, которых мы обычно считаем живыми. Использование bla bla blaнаходится где-то между неточным и детским («и т. д.» было бы столь же неточным, но, по крайней мере, звучит уместно). Вы приводите две цитаты без указания источника.
99,9999% живых существ не считаются сознательными? например, амеба или дерево? Это снова будет догадкой, которая может быть верной или ложной. Однако все формы жизни реагируют на разные стрессы и раздражители совершенно так же, как человек, хотя и по-разному. что можно было бы догадаться как внешний признак сознания?
@ Remi.b « Никто не ограничивает понятие жизни понятием сознания»? В некоторых местах я читал , что это делал Рене Декарт .
Если я понимаю ответ, вы пытаетесь сказать, что живые существа должны иметь ощущения. Если это так, то почему мы считаем вирусы неживыми, а бактерии живыми? Оба имеют по существу одинаковые ограничения на ощущения в том смысле, что они биохимически взаимодействуют с окружающей средой и реагируют. Я думаю, вы неправильно поняли мой расплывчатый вопрос. Я искал четкий ответ на вопрос, почему биологи обычно не включают вирусы в число различных деревьев жизни. Я не уверен, что есть философский ответ.
@James «Я думаю, вы неправильно поняли мой расплывчатый вопрос». Я понял вопрос как "Что может быть причиной для того, чтобы считать вирусы неживыми (даже после того, как были обнаружены более крупные размеры и сложные формы)?". «Оба имеют по существу одинаковые ограничения на ощущения»... еще раз напоминаю, что я не говорил о нервных сетях, я говорил о «чувстве» сущностей, таких как «красный», «зеленый», «кислый» и т. д. Мы можем описать каждый детали изменения молекулярной орбитали, но мы не знаем, что это за «красные» или «зеленые» и т. д. чувства; и мы не можем сказать по наблюдению, имеет ли объект перед нами смысл или нет.
Чтобы ответить на вопрос, есть ли у чего-либо жизнь или нет, мы должны знать, «что такое жизнь». но все же мы не знаем его должным образом, за исключением некоторых наблюдаемых признаков, таких как обмен веществ, самообеспечение. Понимание жизни останется неполным до тех пор, пока мы не сможем расшифровать «природу» сознания (я не имел в виду, что ее никогда нельзя будет узнать или нельзя проанализировать научным путем). Я просто имел в виду, поскольку у нас еще нет такого понимания; проба на «подтверждение» категории объекта как живого или неживого; было бы нелогичным усилием. Это все, что я пытался сказать.
Бактерии имеют сознание или нет? Логически это невозможно сказать, так как каждый может наблюдать только свое сознание, поэтому мы не можем сказать, чувствует ли бактерия что-либо. Но , может быть, они что-то чувствуют, о чем мы можем «догадаться» из-за этого сходства — они реагируют на изменения окружающей среды (некоторые даже демонстрируют движения (жгутиковые/подергивания) на раздражители окружающей среды); вероятно, того же происхождения, что и мы; и возникновение сложного метаболизма.
Я думаю, что вы можете зайти слишком далеко в экзистенциальной линии! Посмотрите это видео , чтобы получить общее представление о том, почему «жизнь» сложно определить с этой точки зрения, и почему вирусы усложняют ее. Это в основном просто генерирует больше вопросов! Если вам нравится более практическая сторона философского завершения темы определения жизни, то вы должны прочитать это эссе Кошланда 2002 года в журнале Science .
@James оба ссылаются на хорошие статьи, но обходят сознание.