Я занимаюсь студенческим исследовательским проектом, который включает типирование гена blaZ для различных типов штаммов бактерий Staphylococcus aureus ; для справки, вот несколько статей по этой теме, в которых исследуются способности гена blaZ к устойчивости и четыре различных бета-лактамазы, которые могут быть получены:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3421557/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC188454/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC106017/
Прямо сейчас мне нужно иметь возможность сопоставить последовательности генов blaZ в плазмидах (или хромосомных областях, если рассматривать гены blaZ типа B) различных штаммов S. aureus с четырьмя типами генов blaZ (A, B, C и D). эталонные штаммы, упомянутые в первой статье. В первой статье в качестве «эталонных штаммов» представлены следующие штаммы: тип A, PC1; тип Б, 22260; тип С, РН98; и тип D, FAR19. Однако я могу найти только нуклеотидную последовательность для PC1 и частичную последовательность для 22260 в Genbank; когда я ищу RN98 или FAR19, никаких подходящих результатов не появляется. Несмотря на то, что эти последовательности типов генов должны различаться только по нескольким SNP, важно, чтобы у меня были ссылки на все четыре для наиболее точного типирования штаммов.
В последней статье я заметил, что они предоставляют некоторые различия между всеми четырьмя нуклеотидными последовательностями типа гена blaZ, но не в порядке «от начала до конца» (т. е. нумерация над нуклеотидами не является последовательной, а общая длина сравнения последовательностей равна меньше 846, что соответствует длине кодирующих участков РС1). Пожалуйста, сообщите, так как после бесчисленных поисков в Genbank у меня все еще нет конкретной информации о секвенировании, которая мне нужна для каждого типа blaZ.
Возможно, вы уже пробовали это, но как насчет того, чтобы выполнить поиск BLAST, используя одну из имеющихся у вас последовательностей, и, возможно, ограничить организм Staph a.
Дополнительная информация: В приведенной ниже статье было проведено аналогичное сравнение и упоминаются типы RN9 и FAR10, возможно, они связаны (или изначально написаны с ошибкой). См. ниже.
«Анализ ПЦР в реальном времени для обнаружения генов blaZ в клинических изолятах Staphylococcus aureus» на https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3993521/ упоминает: «тип A, PC1 (pI254) и NCTC 9789; тип B, 22260 и ST79/741; тип C, 3804(pII3804), RN9(pII147) и V137; и тип D, FAR10"
В любом случае я настоятельно рекомендую перейти к исходной интересующей вас статье и использовать функцию «цитируется», чтобы найти более свежие статьи.
канадец