Я пытаюсь согласовать структуры в записях PDB с их последовательностями, как указано в их chemList.polymer.dbrefзаписях.
Например: рассмотрение структур для интегразы ВИЧ:
PDB:3OS0ссылки UNP:P14350, посвященные интегразе (len=391)
>sp|P14350|752-1143 CNTKKPNLDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQ…NRTVSIDNLKPTSHQNGTTNDTATMDHLEKNE
PDB:2B4Jссылки UNP:P12497, посвященные интегразе (len=287)
>sp|P12497|1148-1435 FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKGEAMHGQVDCSPGI…LLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRDYGKQMAGDDCVASRQDED
Почему эти последовательности должны быть такими разными?!
и если вы думаете, что я сосредоточился на небольшом количестве шума: есть 42 других структуры интегразы ВИЧ, все из которых ссылаются UNP:P14350, и 43 другие структуры, ссылающиеся UNP:12497(и 79 других, ссылающиеся UNP:Q76353, очень похожие на UNP:12497), 22 ссылающиеся на совершенно другое UNP:Q72498.
Ни один из них не является интегразой:
P12497 Белок Gag-Pol полипротеин Джин кляп-пол Организм Вирус иммунодефицита человека тип 1 группа М подтип В (изолят NY5) (ВИЧ-1)
P14350 Белок полипротеин Pro-Pol ген пол Организм Спумаретровирус человека (SFVcpz(hu)) (пенистый вирус человека)
Даже если вы имели в виду интегразный продукт полипротеина, второй - это даже не ВИЧ.
Из Википедии :
Вирус пены человека (HFV) является ретровирусом и принадлежит к роду Spumavirus. Спумавирусы сложны и значительно отличаются от других шести родов ретровирусов по нескольким параметрам. Пенистые вирусы получили свое название от характерного «пенистого» вида цитопатического эффекта (CPE), индуцированного в клетках. [1]
рикб
1148-1435делает квалификатор BLAST). и я намеренно включил PFV в свой анализ, потому что «... PFV очень похож на интегразу ВИЧ и представляет собой прекрасную модель для изучения ретровирусной интеграции» . но, очевидно, мне нужно проверить организмы, прежде чем выравнивать их последовательности! еще раз спасибо за ваш ответ.