Результаты полного секвенирования ДНК — можно ли их использовать на 100% повторно?

В большинстве случаев однократное секвенирование не может охватить весь геном. Вот почему они проводят несколько раундов, чтобы увеличить охват по горизонтали (охватывая больше областей генома) и по вертикали (т. е. по глубине; больше прочтений на локус, чтобы вы могли быть более уверены).

Редактирование dd3: В случаях, когда «обнаружен новый ген», т. е. реаннотации генома, можно вернуться и просмотреть ранее сохраненные данные о последовательности, чтобы узнать, какие аллели есть у человека (каждый ген есть у всех, если только у них нет делеция, которая охватывает всю длину гена). Это биоинформатический проект, и если вы хотите узнать больше, я бы порекомендовал поискать последние публикации о реаннотации генома и перераспределении прочтений последовательностей.

Секвенирование всего генома, как правило, не рекомендуется для прогноза определенного заболевания, такого как рак молочной железы. Обычный подход заключается в проведении ПЦР локусов биомаркеров и, при необходимости, секвенировании по Сэнгеру. Однако, если у вас есть деньги, вы можете провести секвенирование всего генома :P

Количество прогонов, необходимых для увеличения глубины, варьируется для разных областей генома. В этой статье говорится, что островки CpG требуют большего количества прогонов. Согласно этой статье , глубина должна быть >3 на маркер генотипа.

Верно ли, что полное секвенирование ДНК (весь геном) нужно сделать только один раз (для каждого человека)?

Вероятно, да. Но я думаю, что вы сильно переоцениваете, как часто это делается. Например, если кто-то «секвенирует» свою ДНК в 23andMe, он не получает секвенирование всего своего генома. Они получают отдельные биты, которые, как полагают, могут быть клинически значимыми. Это другая технология, чем та, которую вы использовали бы для получения полного генома. Целый геном млекопитающих действительно велик, поэтому секвенировать его довольно дорого, и в основном это некодирующая ДНК сомнительной значимости. Следовательно, вы можете просто генотипировать точные интересующие основания или, возможно, выполнить захват экзома, что даст вам полную последовательность для 1% или около того генома, который в настоящее время аннотирован для кодирования. Очевидно, что ни один из этих подходов не будет всеобъемлющим, поэтому может потребоваться переделать их позже с новыми целевыми интересующими областями.

Даже если бы вы получили полный геном с помощью современных технологий, прямо сейчас у него есть ограничения, а именно длина считывания, из-за которых трудно проработать некоторые детали. Я мог бы легко увидеть, как кому-то нужно переделать геном, используя технологию более длительного чтения, когда эта технология появится.

Кроме того, на самом деле мы не открываем так много новых генов. Уж точно не белок-кодирующие. Более вероятно, что мы обнаружим, что варианты в том или ином гене могут иметь клиническое значение для какого-то параметра здоровья.

Помимо того, что сказал WYSIWYG. Также может быть так, что вам нужно повторно секвенировать, потому что вы хотите увидеть изменения, которые могли произойти с момента последнего секвенирования. Помните, что клетки продолжают делиться и, следовательно, изменяться, поэтому ДНК немного отличается от одной клетки к другой (и от одной популяции клеток или тканей к другой). Секвенирование одиночных клеток почти готово. Очевидным примером здесь является опухоль. Это помогает узнать, что произошло, и, если возможно, обнаружить драйвер (или драйверы) мутации (раковые клетки имеют тенденцию увеличивать скорость мутации).