На самом деле я вычислительный биолог, извините меня, если описание моего вопроса немного не соответствует примечанию, мое любопытство подталкивает меня
Немного предыстории и контекста: у бактерий регуляторный белок, называемый CsrA, связывает определенные структуры в участках UTR генов и предотвращает их трансляцию. Эти структуры похожи на короткие шпильки, и все они имеют нуклеотиды AGGA в открытой части. Существуют мРНК, которые изолируют белок от его мишеней, общей чертой этих мРНК является то, что они имеют несколько повторяющихся шпилек, которые более или менее отображают нуклеотиды AGGA в открытой части. Таким образом, sRNAs имитируют структуры белков-мишеней, что делает их потенциальными конкурентами за связывание белка с генами, на которые фактически нацелен белок. Опираясь на эту мимикрию, sRNAs связывают CsrA, изолируют его от его мишеней и устраняют его супрессию при трансляции генов.
Мой вопрос: есть ли другие примеры, иллюстрирующие подобные механизмы аналогии/мимикрии мРНК для связывания белка?
Что я пробовал Я просмотрел много литературы, чтобы идентифицировать другие подобные системы у бактерий, в которых мРНК сохраняют повторяющиеся структуры, но безрезультатно. Я надеюсь, что кто-то с более глубоким опытом направит меня к таким примерам в любом живом организме, предпочтительно в бактериях, но я открыт для предложений. Я нашел CRISPR, но они основаны на ДНК, я столкнулся с несколькими другими цис-действующими мРНК, которые нацелены на мРНК и не связываются с белками. Так может ли быть так, что имитаторы sRNA не очень широко распространены в бактериях?!
Регуляция, опосредованная sRNA, у бактерий действует с помощью различных механизмов. Этот случай конкуренции мРНК с мРНК за белок является пассивным типом регуляции. Это может быть хорошо для тонкой настройки, но может быть не очень эффективным. Гораздо лучше активно регулировать мРНК путем прямого связывания. Кроме того, это будет работать только в том случае, если соответствующий белок находится в предельных концентрациях.
Я не встречал примеров того, что вас интересует. Может быть одна аналогичная ситуация в случае эукариотической системы. miRNAs могут быть оттитрованы длинными РНК, которые несут множественные сайты связывания для этой miRNA, тем самым делая miRNAs недоступными для связывания с мРНК-мишенью. Эти длинные РНК называются цеРНК (конкурирующие эндогенные РНК) или микроРНК-губки (этот термин в основном используется, если РНК является экзогенной). Однако на самом деле это не взаимодействие белок-РНК, хотя комплекс RISC содержит белки.