Существуют ли патогенные археи?

На сегодняшний день нет ни одного вида, который можно было бы считать патогенным для животных или растений. Есть археоны, которые живут вместе с животными (в случае человека они были обнаружены в микробиоте кишечника, а также на некоторых поверхностях кожи), которые в основном являются метаногенами. Это может привести к мысли, что архаоны могут производить «патологический пердеж», но это состояние никогда не было описано.

В случае асцидий и других морских беспозвоночных было обнаружено, что некоторые археоны живут в симбиозе, при этом микробы помогают животным посредством фиксации азота. Можно подумать, что, поскольку они способны жить внутри организмов, они могут вести себя как условно-патогенные микроорганизмы, но ни один из них не был описан.

Кроме того, на самом деле существует по крайней мере один известный вид, который можно классифицировать как паразитический, наноархеота Nanoarchaeum equitans , которая была описана как симбионт некоторых гипертермофильных архей. Несмотря на описание симбионта, Nanoarchaeum не может жить сам по себе, в отличие от его компаньона. Более того, его геном содержит типичные черты, связанные с паразитизмом, со значительным уменьшением размера генома и потерей многих ключевых путей и клеточных функций, включая метаболические пути и даже некоторые ключевые компоненты его транскрипционного и трансляционного аппарата. Поскольку функция самого наноархея неизвестна, его следует рассматривать как паразита.

Однако отсутствие доказательств может быть предвзятым, поскольку мало кто использовал метагеномный подход для поиска археонов в клинических образцах, и в будущем могут быть обнаружены некоторые редкие случаи.

На самом деле существует по крайней мере одно упоминание о негативном влиянии наноархей на своего хозяина. Jahn et al (2008) описывают, что отдельные клетки Ignicoccus, к которым прикреплено более двух клеток Nanoarchaeum, не могут расти, в то время как клетки с двумя или менее могут образовывать колонию.

Это правда, что нет веских доказательств того, что наноархеи считаются паразитами в традиционном смысле, при условии, что это единственное найденное мной упоминание об отрицательном (или положительном) влиянии этого археона. Верно и то, что даже традиционные симбиоты, такие как микоризные грибы, могут быть вредными при определенных условиях, и поэтому этот одинокий пример не будет репрезентативным. Однако до этого упоминания были те же основания считать этого археона симбиотом или паразитом, и по неизвестным причинам первая гипотеза принималась по умолчанию. Эти результаты предполагают, что Nanoarcheumпотенциально вреден, и, поскольку до сих пор нет никаких доказательств того, что Nanoarchaeum приносит какую-либо пользу, я твердо верю, что рассмотрение предполагаемого паразита следует поощрять и использовать в качестве гипотезы по умолчанию.

Некоторые авторы предпочитают использовать термин «интимная ассоциация» и определяют его как «узкоспециализированную систему, сочетающую признаки симбиоза, комменсализма и паразитизма», которая пытается быть чем-то нейтральным между двумя гипотезами. Однако я нахожу это выражение ненужным, запутанным и лишенным смысла; главным образом потому, что такого рода отношения можно описать с помощью классических экологических терминов.