Я использую РНК, которая транскрибируется in vitro до того, как я начал свой проект. Оказалось, что он не подготовлен должным образом и имеет ДНК-загрязнение.
Вместо того, чтобы снова проводить транскрипцию in vitro, я хочу попытаться очистить ее с помощью обработки ДНКазой и последующего осаждения LiCl. Как вы думаете, это сработает?
И, во-вторых, трансципированная in vitro РНК находится в разных разведениях, поэтому у меня есть небольшой запас (возможно, 5 мкл), который составляет около 200 нг/мкл, и у меня есть другие разведения 1 и 0,1 нг/мкл. Я хотел бы очистить их всех. Как вы думаете, если я просто смешаю все разбавления с запасом и определю концентрацию и сделаю все остальное? Это уместно?
Спасибо!
Обработка ДНКазой на самом деле является одним из необязательных шагов, если вы хотите избавиться от исходного шаблона ДНК: https://www.neb.com/protocols/2013/04/02/standard-rna-synchronous-e2050 .
Если вы знаете, что заражение произошло после транскрипции, обработка ДНКазой, очевидно, должна помочь.
Относительно аликвот: ваш запас в 200 раз более концентрирован, чем аликвоты (поэтому, чтобы получить такое же количество РНК, как и в 1 мкл запаса, вам нужно взять 200 мкл аликвоты 1 нг/мкл). Смешивать их, думаю, не стоит (да и эффективность осаждения РНК, скорее всего, снизится), иначе просто сделать еще одну транскрипцию.
голгичик
алефрейш
голгичик