Почему «Союз МС-04» доставит на МКС только два экипажа?

Официальная причина :

Начиная со следующего запуска «Союза» в марте 2017 года, Россия сокращает одну должность космонавта из экипажа станции и не планирует восстанавливать работу до запуска нового модуля в 2018 году.

Космонавты обычно составляют половину экипажа станции из шести человек, но «сейчас нам это не нужно», — сказал Сергей Крикалев, бывший космонавт, который сейчас курирует пилотируемые космические полеты в российском космическом агентстве «Роскосмос», Конгресс астронавтики, который прошел в конце сентября в Гвадалахаре, Мексика.

Думаю, подтекстом является сокращение бюджета.

В дополнение к ответу Гоббса я могу добавить этот момент.

Не знаю, причина это или следствие, но «Союз МС-04» вернет на землю, помимо двух отправленных туда членов экипажа, Пегги Уитсон . Она стартовала на корабле «Союз МС-03 » в составе 50-й экспедиции , но не вернулась на Землю со своими двумя попутчиками, которые благополучно приземлились 2 июня 2017 года.

Это связано с соглашением между НАСА и российским космическим агентством «Роскосмос» , которое добавляет три месяца к рекордной миссии.

Очевидно, что для посадки на Землю ей понадобится дополнительное место, и это место будет в «Союзе МС-04».