Был ли уход Йоды преднамеренной ссылкой на ET?

Вроде так, да.

Вы были правы, когда сказали: «БОНУС: в обеих сценах отличная музыка Джона Уильямса». Оказывается, это не просто один и тот же композитор, а на самом деле одна и та же музыка! Музыкальная тема материнского корабля из сцены прощания с инопланетянами ненадолго появляется в сцене прощания с Йодой.

Из этой ветки на Filmtracks.com :

Когда Йода вошел в свой маленький космический корабль и попрощался с Чуи, сцена стала прощальной сценой из ET с одной из основных тем ET, появившейся в партитуре. Это было воспоминание о сцене Йоды в ET, где ET видит Йоду в толпе Хэллоуина, и тема Йоды появляется в партитуре в этот момент. Какое-то время это было самым приятным. Я немного посмеялся, когда это произошло в театре.

Конечно, там звучит и тема Йоды, но на 5 секунд музыка меняется на тему материнского корабля из ET.

Из TV Tropes (предупреждение: TVTropes может занять много часов в лабиринте кликабельных ссылок):

Уход Йоды с Кашиика очень похож на уход инопланетян с Земли, вплоть до музыки.

И из интернет-блога :

Уход Йоды с Кашиика отразился, музыкально и визуально, на уход инопланетянина.

Наконец, из ветки на фан-сайте Джона Уильямса :

Йода взлетает в своей спасательной капсуле на Кашикке после того, как попрощался с Чуи и его приятелем. Мало того, что капсула Йоды казалась мини-версией материнского корабля в ET, но то, как была снята сцена и то, как JW забил тему Йоды, чтобы величественно подняться, когда капсула взлетает, кажется слишком случайным. Я люблю это! Единственная разница, кажется, заключается в том, что тема как бы сужается, не полностью раскрывая свой потенциал, но я думаю, что это хорошо сработало со сценой — поскольку уход Йоды не очень радостен или оптимистичен.

Итак, ни один из этих четырех источников не является каноническим, но вместе взятые они кажутся весьма убедительными. К сожалению, я недостаточно хорошо знаю тему инопланетян, чтобы вообще узнать ее, когда я ее слышу, но, надеюсь, кто-то, кто знает, сможет точно определить момент, когда музыка инопланетян появляется в сцене прощания с Йодой.

А раз эта музыкальная связь подтверждается, то, безусловно, отсылка должна быть преднамеренной. Сходство, которое вы указываете в вопросе, вероятно, слишком велико для совпадения, но этот музыкальный «наконечник шляпы» делает его кристально ясным.