Как секвенировать геном дерева? [закрыто]

Я пишу заявку на грант, и часть исследования будет включать секвенирование и сравнение ДНК деревьев в Америке и Японии. Как можно проанализировать геном дерева и сравнить его с сородичем?

чем это отличается от секвенирования генома животных?
Я не знаю. Это другое?
Вы пытаетесь секвенировать весь геном или только его части? Этот обзорный документ может помочь вам начать работу, особенно часть под названием «Как мы выполняем секвенирование» ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1456863 .
кажется, что вы не занимались самостоятельно, что обычно является первым шагом. В наши дни секвенирование генома довольно распространено, и доступно много информации. Может быть, начать с простого поиска в Google «как секвенировать геном». Кроме того, при написании гранта, если вы включаете работу, которую вы не знаете, как делать, возможно, вам следует искать сотрудничества с людьми, занимающимися геномикой.
Я согласен с аааааа - если для гранта, уровень этого вопроса указывает на то, что вам нужно читать больше литературы, чем вы, по-видимому, читали. (В противном случае вы просто потратите время комитета по грантам.) Например, быстрый поиск находит список секвенированных геномов растений — вы можете начать со ссылок, чтобы увидеть, как они это сделали. -- Тем не менее, вы, вероятно, ищете "генотипирование", а не "секвенирование всего генома". Выполнение поиска в Интернете по запросу «деревья генотипирования» выдает ряд документов, с которых вы можете начать.

Ответы (1)

В журнальных статьях они ежегодно проводят множество исследований, описывая современные инструменты и процедуры для секвенирования геномов растений.

исследуя 5 минут, вы получите результаты такого рода:

http://www.pnas.org/content/95/16/9693.full

Протоколы включали коммерчески доступные наборы (например, Qiagen's RNeasy Plant Minikit), некоммерческие лабораторные протоколы выделения РНК (например, CTAB, кислый фенол) и гибридные методы, сочетающие компоненты как коммерческих наборов, так и лабораторных протоколов. Подробные протоколы, используемые для всех выделений, доступны онлайн в Приложении S1. http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0050226

Образцы тканей и органов для Нозерн-блоттинга паттернов экспрессии генов брали в течение вегетационного периода и замораживали в жидком азоте, а затем хранили при температуре -80°C. Образцы кончиков побегов представляют собой конечные 1–2 см сочной ткани стебля от удлиняющихся ветвей и концевых лидеров. Незрелая ксилема была собрана овощечисткой с поверхности одревесневших стеблей после удаления коры и включает клетки с первичными клеточными стенками, происходящими из камбиальной зоны через зону радиального расширения клеток. РНК незрелой ксилемы компрессионной древесины и боковой древесины использовались для приготовления библиотек, тогда как вертикальная незрелая ксилема обозначает образцы, взятые из стволов контрольных деревьев, растущих вертикально. Ткань, описанная как «флоэма», была собрана с внутренней поверхности коры вертикальных стеблей и фактически включает перидерму и другие ткани, а также активную флоэму. Планки были собраны с поверхности вертикальных одревесневших стеблей с плоскостью древесины после сбора незрелой ксилемы и включают клетки, которые сформировали вторичные клеточные стенки, достаточно прочные, чтобы противостоять сбору овощечисткой. Образцы хвои представляли собой частично расширенную ювенильную хвою.

вот еще несколько текстов для проверки

http://www.pnas.org/content/106/31/12794.full

https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2148-7-214

From_field_to_film_Rapid_sequencing_methods_for_field-collected_plant_species

Мне потребовалось 5 минут, чтобы найти эту информацию путем поиска статей для

методы секвенирования растений

Как секвенировать геном дерева? [закрыто]
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v