Диаграмма внутривидового генетического разнообразия по видам / типам?

Я ищу информацию о том, как генетическое разнообразие внутри вида (а не между видами) различается между таксонами. Другими словами: является ли «распространение» в генетическом пуле, если его измерять, например, с точки зрения однонуклеотидного полиморфизма (SNP), в целом больше/меньше для одних групп видов, чем для других?

Моя специальная идея состоит в том, что виды с более сильными фенотипическими различиями между особями, такие как homo, вероятно, должны иметь более высокое генетическое разнообразие (более высокий уровень SNP), чем виды с меньшими фенотипическими вариациями, такие как, скажем, прямокрылые (кузнечики и т. д.). Но я не смог найти ни статистики, ни исследований на эту тему.

Меня особенно интересуют данные о дальнеродственных таксонах. В идеале это должна быть таблица со сравнительными данными по губкам, кольчатым червям, членистоногим, рыбам, млекопитающим (отдельным представителям этих групп) или даже растениям, грибам, археям, бактериям…

Я не ищу информацию ни о реальных последовательностях генома, ни о биоразнообразии, а конкретно о генетическом разнообразии внутри видов из разных типов.

Это мой первый вопрос здесь, спасибо за помощь!

Я не знаю никаких ресурсов, которые вы могли бы использовать прямо сейчас, но одна вещь, о которой вы должны знать, это то, что генетическое разнообразие обычно коррелирует с (эффективным) размером популяции. Это означает, что такие виды, как насекомые, обычно должны иметь более высокое генетическое разнообразие, чем млекопитающие, только потому, что их больше в данной популяции.

Ответы (1)

Вы можете посмотреть на частоту гетерозиготных SNP у видов с секвенированием генома, что является мерой внутривидового разнообразия.

У вас есть пример на рисунке 4 здесь: https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-016-1090-1

Вы можете видеть на рисунке, что нанесены исчезающие виды (большинство из них с низким генетическим разнообразием).

Кроме того, я боюсь, что ваша исходная гипотеза не очень хороша. Наш вид очень беден генетическим разнообразием и имеет мало фенотипических вариаций. Человеческий вид прошел через несколько основных узких мест в своей эволюционной истории, что уменьшило их разнообразие. Даже гориллы или гигантские панды более разнообразны, чем люди. У вас есть предвзятость, потому что вы человек и умеете отличать людей от своего вида.

Также одного представителя от каждой группы будет недостаточно, так как различия внутри группы могут быть огромными. Кроме того, в определенных группах трудно измерить фенотипическую изменчивость.

Извините за немного негатив

Да, моя специальная гипотеза, вероятно, неверна, как стало ясно после некоторых исследований. С другой стороны, если включить этологические признаки в «фенотипическое разнообразие», сравнение кузнечика и человека все равно будет иметь место. Но прямой связи с генетическим разнообразием нет. Рисунок 4 является частью того, что я ищу, но он должен быть межтиповым. Я вижу, что, задавая вопрос, как я, сталкиваешься с кучей проблем. Постараюсь распутать это немного больше, когда буду читать дальше.
Оказывается, это на самом деле является предметом недавней дискуссии: «Понимание того, почему одни виды обладают большим генетическим разнообразием, чем другие, имеет центральное значение для изучения экологии и эволюции и имеет потенциально важные последствия для биологии сохранения. Но не только этот вопрос остается нерешенным. , он в значительной степени перестал приниматься во внимание. Учитывая быстрое снижение затрат на секвенирование, мы утверждаем, что пришло время возродить его». journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/… и некоторые другие.
Я не говорил, что это невозможно или не интересно делать. Просто люди не являются разнообразным видом. На самом деле значение HSNP довольно легко вычислить из генома, если оно еще не было рассчитано консорциумом геномов, ответственным за сборку.
Диаграмма внутривидового генетического разнообразия по видам / типам?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v