Имеют ли претензии в этой статье хоть какую-то степень достоверности?

В статье «Проблема времени ожидания в модельной популяции гоминидов» говорится о проблеме времени ожидания и т. д. Верна ли методология этого численного моделирования и вывод или нет?

(Быстрый поиск показывает, что первый автор является сторонником разумного замысла и, по-видимому, верит или считал, что Земле меньше 10 000 лет)

Я бегло просмотрел статью, и ее довольно сложно понять, так как они используют очень необычный словарный запас. Например, они используют selective eliminationабстрактный термин, который не является определенным понятием. Кроме того, они строят свою собственную модель вместо того, чтобы использовать существующую числовую структуру, что затрудняет понимание того, что они действительно сделали.
Если вы хотите попробовать кратко обобщить их методы, результаты и интерпретацию, я был бы рад прочитать статью немного больше и высказать свое мнение.
Вот возможные подводные камни в их работе. Они рассчитывают время для определенной последовательности (то, что они, кажется, называют строкой) для закрепления в популяции из последовательности предков, которая отличается на 100%. Конечно, это требует времени. Доля парных различий между родственными видами, такими как шимпанзе и люди, очень мала.
Кто-нибудь знает о хорошем снятии этой статьи, на которую я могу сослаться? Все больше и больше кажется, что это имеет какую-то ценность!
Я не заинтересован в том, чтобы щелкнуть по тому, что выглядит как журнал ерунды. Можете ли вы предоставить ссылку на опубликованную аннотацию? И если вы не можете, потому что статья не может быть найдена в pubmed, это довольно хороший ответ на ваш вопрос прямо здесь.

Ответы (1)

Боюсь, я немного посмеялся, читая эту газету в первый раз.

Почему? Вот что они, по сути, сделали: они попытались смоделировать эволюцию, реализовав алгоритм. У них была популяция из 10 000 особей, представленная их генетической последовательностью, и у них был алгоритм, выполняющий мутации этих последовательностей, и смоделированный отбор и размножение, чтобы получить следующее поколение. Делали это давно. Почему это заставило меня смеяться? Я защитил диссертацию на степень бакалавра и магистра в области эволюционной биоинформатики. Почти каждый студент внедряет что-то подобное, когда начинает, чтобы научиться писать такую ​​программу. Это не совсем ново. Они даже цитируют несколько других исследований, в которых проводится подобный анализ.

Их результат в основном состоит в том, что эволюция человека от предков человека-шимпанзе не могла произойти, потому что это заняло бы слишком много времени. Мало того, что полное различие между этими двумя видами заняло бы слишком много времени, потребовалось бы слишком много времени, чтобы исправить каждое отдельное различие более чем в два нуклеотида.

Поскольку это противоречит установленной науке, этот алгоритм должен быть хорошим ... Статья длинная, и, на мой взгляд, большая ее часть не так уж интересна или связана. Но вот большие проблемы, на мой взгляд:

Когда естественный отбор успешно амплифицирует целевую строку до точки фиксации (т. е. когда частота аллеля достигает 99–100 %), 

Их цель состоит в том, чтобы их целевая последовательность достигла частоты не менее 99 процентов. Это излишне много и, конечно, займет много времени, тем более что их популяция остается неизменной на уровне 10 000 особей. Они не показывают цифру того, как частота менялась от поколения к поколению — я предполагаю, что 90 процентов достигаются намного раньше, чем их порог.

Сохранение постоянного размера популяции, конечно, также не является реалистичной моделью эволюции человека. Это не было на уровне 10000 особей в течение миллионов лет.

инициализация: инициализировать каждого человека одной и той же случайной или указанной пользователем строкой (например, AAAAA)

Люди не начинали со случайных последовательностей, а затем мутировали их, чтобы сделать что-то полезное, мы начали с полезного генетического материала, который затем изменился. Если вы начнете с AAAAA, ожидайте цель TAGGC, не давайте никаких преимуществ промежуточным шагам (как они это делали) при частоте мутаций примерно 1 на десять миллионов нуклеотидов на поколение, конечно, вы будете ждать долго. время. Скорость мутаций в геномах также неодинакова, она варьируется в зависимости от региона. Насколько я вижу, это не учитывалось и не обсуждалось.

Существует также проблема, связанная с тем, что они смотрят только на мутацию одного нуклеотида, а не на дупликацию генов, вставки и т. д., которые также составляют большую часть различий между людьми и их предками.

Кроме того, существует случайный «выбор партнера», который является допустимым упрощением, если вы просто рассматриваете некоторые механизмы эволюции, но недействительным, если вы собираетесь использовать свою модель для оценки времени, необходимого для видообразования.

Они также допускают возникновение только одной полезной мутации, а затем ждут, пока она будет исправлена, утверждая, что все остальное просто привело бы к еще большему времени, без, насколько я понимаю, просто реализации этого и последующей проверки этого предположения.

В некоторых моментах их статья просто собирается произвести какой-то драматический эффект:

время ожидания составило 500 миллионов лет, что по-прежнему крайне непозволительно. Это количество времени приблизительно соответствует расчетному времени, необходимому для эволюции червеобразных существ в людей.

500 миллионов лет назад у нас появились первые животные, вышедшие на сушу, и первые хордовые. Хордовые и «червеобразные» типы уже разошлись.

По сути, на мой взгляд, они взяли очень простую модель и сделали из нее радикальные выводы. Этот вид анализа подходит для изучения того, как эволюция может привести к видообразованию, какие параметры могут играть роль и т. д., но он не подходит для оценки времени, затрачиваемого на это.

Но это только мои первые мысли, я надеюсь, что скоро где-нибудь в Интернете появится более подробный обзор.

На самом деле оценка генетического разнообразия людей, преодолевших генетическое узкое место в человеческой эволюции, составляет около 10 тысяч человек, плюс-минус. Одна мысль, которую, я думаю, вы не упомянули, — это идея о том, что эволюция посредством естественного отбора сохраняет свои успехи и отбрасывает свои ошибки, что и позволяет кембрийскому взрыву иметь смысл. 3 миллиарда лет на проработку всех изломов и закладку фундамента, потом 500 миллионов лет на диверсификацию по удачным темам.
@AMR да, я знаю эту оценку. Но эти 10 000 особей не скрещивались друг с другом случайным образом, они, вероятно, образовали субпопуляции довольно скоро, и они не оставались на уровне 10 000 в течение следующих 5 миллионов лет.
Прошло всего 60-70 тысяч лет с тех пор, как нас осталось около 10 тысяч человек ... Я не согласен с документом, просто он указывает, как они принимают факты и затем искажают свое дело. Как вы сказали, «частота мутаций примерно 1 на десять миллионов нуклеотидов в поколении». Это частота мутаций на клеточное деление, поскольку это присущая частота ошибок для ДНК Pol с действующими механизмами восстановления ДНК. Также они не учитывают такие события, как мейотическая рекомбинация или, как вы упомянули, дупликацию генов. Многие различия больше связаны с количеством генного продукта, а не с различиями в генах.
Однако очень поздний комментарий, временные рамки, представленные в документе, на который ссылается ОП, на самом деле основаны на внешнем исследовании, проведенном Майклом Линчем и Адамом Абеггом на кафедре биологии и математики Университета Индианы. Утверждение этого исследования состоит в том, что потребовалось бы не менее 200 миллионов лет всего для 2 мутаций ... и это основано только на 98% сходстве. Теперь цифра такова, что мы похожи только на 85%... так что 200 миллионов лет должны были бы резко приспособиться к этой ныне принятой цифре... что значительно хуже для эволюции!
Имеют ли претензии в этой статье хоть какую-то степень достоверности?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v