Краткое изложение статьи Yohn et al. 2005 г. в PlosBiology. говорится, что:
Поиск в геномах подмножества человекообразных обезьян и обезьян показал, что ретровирус интегрировался в зародышевую линию африканских человекообразных обезьян и обезьян Старого Света, но не заражал людей и азиатских обезьян (орангутанг, сиаманг и гиббон). Это подрывает представление о том, что древняя инфекция вторглась в родословную приматов , поскольку человекообразные обезьяны (включая людей) имеют общего предка с обезьянами Старого Света.
Кроме того, Майкл Линч пишет :
«Примечательно, что мы обнаружили много случаев параллельного прироста интронов практически в одних и тех же местах у независимых генотипов», — сказал Линч. « Это сильно опровергает распространенное предположение, что когда два вида имеют общие интроны в одном и том же месте, это всегда происходит из-за наследования от общего предка » .
Поскольку общие ERV у людей и шимпанзе преподносятся как одно из доказательств того, что люди и шимпанзе имеют общее происхождение (как Кен Миллер здесь ), подрывает ли приведенная выше статья (и цитата) эту линию рассуждений?
Есть ли какой-нибудь хороший (недавний) источник, в котором обсуждается доказательство общего происхождения с использованием ERV?
Йон и др. др. (2005) статья (из лаборатории Эвана Эйхлера) описывает один тип эндогенного ретровирусного элемента (в общих чертах считайте его «видом»), называемый PTERV1. Они показывают, что было несколько независимых случаев заражения, которые привели к постоянной интеграции предков современных видов (~ 3-4 млн лет назад у предков горилл и шимпанзе, ~ 1,5 млн лет назад у предков бабуинов и макак). Это никоим образом не противоречит представлению об общих предках обезьян/обезьян; действительно, они утверждают это как данность в своем анализе (выделено мной):
В общей сложности 275 мест вставок были однозначно сопоставлены с неортологичными местоположениями (таблица 2), что указывает на то, что подавляющее большинство элементов были специфичными для линии (т. е. они возникли после отделения гориллы/шимпанзе и макаки/бабуина от их общего предок ).
Присутствие ERV (или интрона, или любой общей геномной синтении) можно использовать в качестве доказательства в поддержку конкретной модели общего происхождения. Изменения в геномной архитектуре — это стохастические процессы, и работа, которую вы цитируете Li et. др. (Лаборатория Линча) показывает нам, что размещение ERV может происходить в аналогичном или почти идентичном месте с гораздо большей скоростью, чем считалось ранее. Поэтому нам необходимо принять это во внимание, а затем рассчитать, насколько сильно общий ERV повышает нашу уверенность в данной филогенетической модели.
Видео, на которое вы ссылаетесь, использует полностью случайную (то есть очень простую) модель интеграции ERV, устанавливая вероятность вставки в заданном месте на уровне 3.3e-10. Выводы Ли говорят нам, что это неверно. У дафний , по крайней мере, «горячие точки» могут составлять почти 25% прироста новых интронов. Видео также не смогло включить все экземпляры ERV, которые не являются общими для человека и шимпанзе (обратная сторона салфетки, это может объяснить различия между их геномами примерно на 0,3%, см. Mun et al. 2014). Это повысит вероятность случайного точного совпадения (например, поместите двух человек в комнату, какова вероятность того, что у них совпадет день рождения? Поместите 100 человек в комнату, какова вероятность того, что у кого-то из них день рождения совпадет). ?).
Итак, будем крайнеконсервативны и говорят, что вероятность того, что одна и та же вставка в заданном месте как у шимпанзе, так и у людей составляет один к одной тысяче (1e-3, на семь порядков более вероятно, чем в исходной модели). На видео идентифицировано шестнадцать общих ERV; если каждое из них считается независимым событием из-за отсутствия общего приличия, мы все равно рассматриваем шансы около 1e-48 (1e-3 ^ 16). Альтернативой может быть то, что они произошли от вставок, предшествующих расколу от общего предка. Учитывая Ли и др. д., возможно, каждому событию следует дать вероятность всего 0,75 вместо 1,0 (как на видео), потому что до 25% из них могут быть из горячих точек. В этом сценарии вероятность равна 0,01 (0,75 ^ 16). Следовательно, вторая гипотеза на 46 порядков более вероятна, чем первая. В моей голове,
Я хочу внести ясность: я сильно искажаю эти цифры, чтобы не поддерживать общее происхождение. Реальные шансы будут намного выше в пользу общего происхождения.
Для дальнейшего чтения Велкин Джонсон написал всеобъемлющий обзор ERV в 2015 году (с платным доступом, поэтому вам может потребоваться поиск метода поиска научной литературы Александры Элбакян, если у вас нет институционального доступа).
Джонсон ВЭ. (2015). Эндогенные ретровирусы в эпоху геномики. Анна. Преподобный Вирусология. doi: 10.1146/annurev-virology-100114-054945
Ли В. и др. (2009)Обширное, недавнее увеличение количества интронов в популяциях дафний. Наука. doi: 10.1126/science.1179302
Мун С. и др. (2014) Эндогенный ретровирус, специфичный для шимпанзе, создает геномные вариации в геноме шимпанзе. ПЛОС Один. doi: 10.1371/journal.pone.0101195
Йон и др. др. (2005). Специфичные для линии расширения ретровирусных вставок в геномах африканских человекообразных обезьян, но не людей и орангутанов. PLoS биол. doi: 10.1371/journal.pbio.0030110
Дэйвид