Вот утомительный экзаменационный вопрос, который задает это: вопрос 8 (b). https://drive.google.com/drive/folders/0B23NLD5L6099VWJya3dfLVJpbmc
В вопросе говорится:
В 2007 году бурый медведь находился под угрозой исчезновения в Альберте, Канада. Было проведено исследование, чтобы определить количество медведей в этом районе. Мех был собран с деревьев, о которые терлись медведи, и проанализирован их ДНК.
(i) Объясните, как анализ ДНК поможет ученым определить количество медведей в этом районе.
Ответ просто гласит:
идея сравнения групп
идея о том, что у каждого медведя есть уникальные {ДНК/рисунки полос}
идея о том, что количество различных рисунков полос будет равно количеству разных медведей
Мой вопрос: как весь процесс сочетается друг с другом?
Я совершенно сбит с толку тем, как все расследование может вписаться друг в друга, и я пытался сформулировать это часами. Похоже, что если я просто соберу образцы меха с деревьев, там будут клетки, принадлежащие разным видам, тогда полученный образец ДНК будет включать разное количество полос от всех разных видов. Чтобы решить эту проблему, я думаю, «не могли бы мы каким-то образом разделить разные клетки на разные группы, каждая из которых принадлежит определенному медведю, с помощью какой-то техники, которая не является профилированием ДНК и о которой мне не нужно знать на уровне средней школы? Затем я полагаю, что мы выполнили бы нашу задачу по определению количества разного количества медведей, присутствующих в выборке. Как определить разное количество медведей?
Вторая часть моего вопроса заключается в том, что я не понимаю, как будут использоваться различные образцы с деревьев и меха для оценки общей численности популяции в этом районе? Единственный метод отбора проб животных, который я знаю, это метод отлова-повторного отлова.
Общий процесс профилирования ДНК (я предпочитаю называть его «дактилоскопированием ДНК», но это только я) обычно включает в себя разработку праймеров ПЦР, специфичных для конкретной области, окружающей некую высокополиморфную область. Таким образом, в этом случае понадобятся праймеры, окружающие VNTR (или другие полиморфные области, посмотрите статью в Википедии для обзора некоторых других методов). Если предположить, что праймеры для ПЦР специфичны для медведей (чтобы получить представление об этом, можно взорвать их), то независимо от того, какие другие животные были подмешаны, результирующие полосы будут преимущественно от медведей (в конце концов, ПЦР приводит к экспоненциальной амплификации любимые виды). Это будет часть ответа (1).
Для части 2 нужно найти достаточное количество достаточно изменчивых регионов для работы профилирования. Один сайт может быть недостаточно информативным, но несколько вместе будут.
Часть 3 является логическим результатом частей 1 и 2. Если вы можете усилить группу смешанных семплов вместе, а повторы имеют переменную длину (таким образом, использование VNTR или подобных повторов), то вы увидите их как полосы разного размера. на геле.
канадец
Математик