Как сделать выводы из авторадиограммы саузерн-блота?

Вот еще один вопрос, взятый из «Концепции генетики» Клуг и др. (10-е изд.), касающийся теста на отцовство. ПЦР и саузерн-блоттинг проводили, чтобы определить, являются ли 3 шимпанзе (дорожки 3, 4, 5 в блоте ниже) «законными» потомками 2 потенциальных родителей (дорожки 1 и 2).

В этом вопросе важно сказать, что праймеры, используемые для связывания с ДНК шимпанзе, происходят от человека и что они «примыкают к сильно полиморфным участкам в ДНК человека, которые возникают в результате переменного количества тандемных нуклеотидных повторов». Мой первый вопрос: что именно означает «фланкирование» в этом контексте? Мне кажется, что человеческая ДНК «отражает» ДНК шимпанзе и делает ее достаточно хорошей для использования в качестве праймера, но я не уверен.

Я столкнулся с несколькими другими примерами, не упомянутыми в тексте, о том, как сделать вывод, действительно ли потенциальный родитель является родителем, основываясь на том, содержит ли полоса потомства полосы, обнаруженные как на материнской, так и на отцовской полосах, что наводит меня на мысль, что я могу править. шимпанзе на дорожке 5.

Мне дается пять ответов на выбор, чтобы решить, какие из потомков, если таковые имеются, являются законными:

  1. Никто
  2. только
  3. только А и Б
  4. Недостаточно данных; следует исследовать больше полиморфных сайтов
  5. Нельзя сделать вывод, потому что использовались «человеческие» праймеры.

Основные вопросы: вызывает ли тот факт, что мы используем человеческую ДНК в качестве праймеров, какие-либо проблемы? Достаточно ли мы знаем из этого пятна, чтобы определить отцовство?

введите описание изображения здесь

Для вашего первого вопроса предложение можно было бы переписать так: «находятся по обе стороны от сильно полиморфных участков в ДНК человека, которые возникают в результате переменного количества тандемных нуклеотидных повторов».
Хорошо, это имеет гораздо больше смысла, спасибо за разъяснения.
Саузерн-блот необходимо исследовать с помощью меченой ДНК. Из вашего описания непонятно, каково происхождение такого зонда. Саузерн-блоты обычно не используются для разрешения и обнаружения таких коротких фрагментов ДНК — на самом деле вам потребуется чрезвычайно высокий процент агарозы в геле для достижения такого разрешения. Это говорит о том, что на самом деле это полиакриламидный гель, и поэтому маловероятно, что это Саузерн-блоттинг. Тот факт, что праймеры соответствуют последовательностям генома человека, не имеет значения. Речь идет об использовании VTNR в качестве доминирующих генетических маркеров для «отпечатков пальцев» образцов геномной ДНК.

Ответы (1)

Как отметил @canadianer в разделе комментариев, фланговая последовательность - это последовательность, которая находится непосредственно рядом с целью с обеих сторон. Поскольку шимпанзе и люди тесно связаны между собой, а различия в последовательности минимальны (согласно этой статье, это примерно 4% для всего генома), поэтому использование человеческих праймеров совершенно нормально. Теперь, если взглянуть на изображение геля: ответ 2. только А, потому что только это потомство имеет вариант в большом количестве (что можно определить по ширине полосы), который может быть получен от обоих родителей и в в этом случае шимпанзе А действительно унаследовал вариант 136 п.н. от обоих родителей.

Для шимпанзе 4 любой родитель может быть таким же (как и для шимпанзе А) из двух, потому что он также имеет вариант 136 п.н. (который может быть унаследован либо шимпанзе один, либо два), но имеет другой вариант, который не может исходить от шимпанзе 1 и 2.

Как вы сказали, шимпанзе 5 можно сразу исключить, потому что у него большая полоса, которую нельзя найти ни у одного из двух родителей.

Как сделать выводы из авторадиограммы саузерн-блота?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v