Как создать белковую графику для иллюстрации статей?

Структура инсулина, показанная ниже, появляется в статье Википедии .

Какое программное обеспечение использовалось (или может быть) для создания изображений такого типа?

структура инсулина

Пробовали ли вы гуглить белковую 3D визуализацию ?
Пожалуйста, дайте ссылку на этот конкретный пример. Вы наверняка знаете, что участники Википедии (не пользователи) полностью независимы и поэтому используют любое программное обеспечение для создания молекулярных изображений. Вряд ли это вопрос о биологии, и, как сказал @Remi.b, вы можете узнать о различных программах для молекулярной графики. Вы также можете заглянуть на сайт PDB, который использует два варианта отображения. Но ни одна из них не является простой кнопочной программой, а требует от вас изучения собственных скриптовых команд.
Я очень ценю ваши комментарии 👍
есть много. Попробуй автодок для начала

Ответы (1)

Все комментарии замечательные, существует множество программ, позволяющих делать такие изображения.


Сбор информации о структуре инсулина

Просто нажав на изображение в Википедии, вы получите ценную информацию:

Создано Исааком Йонемото, созданным с помощью en:pymol, en:inkscape и en:gimp из структуры 1ai0 ЯМР в en:pdb. Ссылка: Чанг, X., Йоргенсен, AM, Бардрам, П., Лед, Дж. Дж.

Итак, создатели использовали pymol , inkscape и gimp , но давайте копнем немного глубже. К сожалению, Исаак Йонемото, редактор этой вики, не предоставил прямой ссылки на исходную публикацию (см. историю файлов вики ). Однако при поиске по именам авторов в сочетании с insulinмы быстро находим статью: Структуры растворов гексамера человеческого инсулина R6 . В первом абзаце мы видим:

Атомные координаты 20 уточненных структур гексамера и ограничения, полученные с помощью ЯМР, были депонированы в Brookhaven Data Bank (идентификационные коды PDB 1AIY и 1AI0 для симметричного и несимметричного гексамера соответственно).

Вы можете найти структуру, которая была изображена в этой вики-статье, выполнив поиск по идентификатору PDB .


Создание и визуализация
Здесь вы можете интерпретировать «создать» в своем вопросе двумя способами:

  • Создание всей этой структуры из ничего
  • Визуализация структуры, определенной кем-то другим

Если вы ссылаетесь на первое, вам следует посмотреть статью, соответствующую этой структуре. Обратите внимание, что это довольно подробно и требует знания нескольких концепций, таких как молекулярная динамика и ЯМР-спектроскопия. Если вы ссылаетесь на последнее, вам следует взглянуть на упомянутые ранее программы, такие как pymol , inkscape и gimp.


Не подлежит обобщению.
Это сводится к тому, что @David уже сказал в своем комментарии:

Вы наверняка знаете, что участники Википедии (не пользователи) полностью независимы и поэтому используют любое программное обеспечение для создания молекулярных изображений.

Просто добавим, что автор этого конкретного изображения указал идентификатор PDB, который позволяет вам найти структуру, бумагу и т. д. в RCSB.