Как выделить две плазмиды из нити E. Coli?

У меня есть клеточная линия E. coli, которую я использую для экспрессии белка с использованием двухплазмидной системы. Один дает AmpR и один KanR.

Для мутагенеза я хотел бы разделить плазмиды, чтобы повысить эффективность мутагенной реакции ПЦР. Я смог вылечить клетки плазмиды KanR, потому что она является низкокопийной, тогда как AmpR является высококопийной, поэтому я мог легко выращивать клетки только в ампициллине, и в итоге я получил только плазмиду AmpR. Однако мне не удалось сделать то же самое для выделения плазмиды KanR.

Моей следующей идеей было пропустить плазмиды через гель и провести экстракцию. Поскольку я не делал дайджест, было очень сложно различать группы, и в итоге я получил ничтожно малую прибыль. Я считаю, что плазмиды просто размазались по гелю из-за третичных структур.

Моя последняя надежда состоит в том, чтобы выполнить переваривание плазмид с использованием рестрикционного фермента, который разрезает каждую плазмиду один раз. Меня беспокоит то, что я не смогу получить правильную стехиометрию из-за того, что плазмиды одновременно присутствуют в совершенно разных концентрациях.

Есть ли у кого-нибудь какие-либо советы о том, как еще я мог изолировать плазмиды? Или, может быть, у кого-нибудь есть опыт запуска дайджеста на плазмидах с неизвестными концентрациями? Мне очень нужна помощь в этом. Проект мутагенеза продолжается уже несколько месяцев, и это даже не лаборатория молекулярной биологии... так что это отвлекает время от основных целей исследования!