Я должен рассчитать относительную скорость эволюции двух последовательностей (человека и овцы) с курицей в качестве внешней группы. Последовательности довольно длинные, поэтому я просто создам короткий пример, так как я просто хочу изучить процесс (ожидается, что мы будем использовать онлайн-ресурсы для решения наших домашних задач, поскольку это онлайн-класс, но я не могу найти ни одного). Примеры).
Человек: GGATCGCCT
Овца: GGACGCGCCT
Курица: GGACACGCCT
Может ли кто-нибудь показать мне, как это сделать? Вот моя догадка из ограниченной информации, которую я нашел, но я почти не уверен, что она верна:
p-расстояние человек/курица = 2
p-расстояние овца/курица = 1
относительная скорость эволюции = 2/1 = 2
Это правильно? Если нет, может ли кто-нибудь показать мне, как это сделать правильно?
Такие вещи обычно рассчитываются с использованием ratio , отношение синонимичных замен к несинонимичным. Недостаточно подсчитать мутации для кодирующих последовательностей, вы также должны учитывать, действительно ли эта мутация изменит конечный продукт.
В этом вам могут помочь различные онлайн-инструменты, например, Phylemon: