Какая последовательность ДНК будет иметь более высокую температуру плавления: CCCCCC... или GCGCGC...?

Я попробовал этот сервис для расчета температуры. Метод ближайшего соседа неизменно дает более высокие результаты для последовательностей типа или GCGCGCпо сравнению с последовательностями типа CCCCCили GGGGG, в то время как другие методы не дают разницы. Является ли это особенностью ближайшего соседа или действительно существует разница в температурах плавления?

Ответы (1)

Экспериментально измерена зависимость температуры плавления от различных пар динуклеотидов; калькулятор температуры слияния основан на этих результатах. Основываясь на этих результатах, вы увидите, что GCпара динуклеотидов будет отличаться от пар GGи . CCВозможно, это связано со стерическими эффектами и стэкинг-конформациями.

Санта-Люсия ( 1998 г., автор модели ближайшего соседа) сослался на различные экспериментальные исследования, из которых были получены значения, в таблице 1 статьи.

Это отвечает на мой вопрос, но мне любопытно, проверялись ли триплеты и более длинные последовательности нуклеотидов экспериментально на температуру плавления?
@СашкоЛихенко Я не проверял, проводились ли исследования с тройняшками. Однако я думаю, что с более длинными участками нуклеотидов будут дополнительные факторы, влияющие на связывание (в основном возникающие из-за стерических факторов). Для более длинных последовательностей (олигонуклеотидов) проводят изотермическую титрационную калориметрию (ITC) для расчета энергии связывания и других термодинамических параметров. Люди также проводят анализ плавления, медленно повышая температуру. Это обеспечит наиболее точную оценку температуры плавления in vitro.
Какая последовательность ДНК будет иметь более высокую температуру плавления: CCCCCC... или GCGCGC...?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v