Предположим, простая синтетическая конструкция, состоящая из конститутивного промотора и одного гена:
Одним из самых простых способов моделирования транскрипции GFP является использование ODE:
куда скорость транскрипции GFP и скорость деградации мРНК GFP (обе константы). Обычно мы предполагаем .
Предположим, мы хотим учесть концентрацию плазмиды со значением скорости транскрипции - например, при более высокой концентрации плазмиды соотношение должно увеличиваться, поскольку ожидается, что уровни насыщения мРНК будут достигаться быстрее. Другими словами, предположим, что мы трансфицировали 2 отдельные конструкции, изображенные выше, 10 нг одной и 30 нг другой - как эта разница в концентрации должна влиять на значения констант скорости, предполагая, что в остальном конструкции идентичны?
Если предположить это, то как примерно изменяется скорость транскрипции генов изменение в зависимости от количества трансфицированной плазмиды, содержащей вышеуказанную конструкцию? В идеале мне было бы интересно узнать это для ячеек HEK 293, но приемлема любая другая приличная оценка. Один простой вариант — просто предположить линейную зависимость, но я думаю, что это слишком упрощенно: например, если мы скажем при концентрации плазмиды 10 нг, затем при концентрации плазмиды 30 нг. Обратите внимание, что я не обязательно ограничиваю себя моделями ОДУ, просто ищу какую-то связь.
Я до сих пор не смог найти ничего полезного в документах, которые я изучил, поэтому любая помощь будет оценена по достоинству.
Количество трансфицированной плазмиды совершенно не коррелирует с уровнем экспрессии белка. После трансфекции обычно каждая клетка получает и сохраняет только одну копию плазмиды. Как только плазмида окажется в клетке, она будет реплицирована, и клетка будет содержать X ее копий, в зависимости от количества копий плазмиды. В общем, плазмиды с низким числом копий коррелируют с более низкой экспрессией белка по сравнению с плазмидами с большим числом копий. Но есть и исключения:
Экспрессия генов под контролем промотора EF1α, по-видимому, коррелирует с числом копий плазмиды. Напротив, экспрессия, управляемая более традиционным ранним промотором CMV, оказывается менее зависимой от количества копий плазмиды (ссылка) .
WYSIWYG