Какой тест применить для выявления геномных сигнатур селекции?

Я хотел бы попросить вас дать ваши предложения по выбору теста для обнаружения сигнатур селекции в следующей модели мыши:

У нас есть три группы: животные с признаками А, признаками В и контрольные. Эти животные были отобраны за последние 4 десятилетия (контрольные животные были скрещены случайным образом и не проявляли ни одного из признаков). Всего 170 поколений (~4 поколения в год).

Мы хотим обнаружить геномные сигнатуры отбора по признаку А и В.

Я новичок в популяционной геномике, но, согласно этой статье ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21218185 ), показываю дерево решений (рис. 1). Я должен применить тест Fst и тест неравновесия Линкеджа, учитывая, что шкала времени будет короткой (40 лет, 170 поколений) и существует несколько популяций.

Не могли бы вы подтвердить, что это правильный подход?

Спасибо

Вы предполагаете, что знаете, какие локусы влияют на признак? Какие данные у вас есть? Существует ряд различных подходов. Здесь , здесь и там есть некоторые документы, которые должны вам помочь.
Спасибо. Я понятия не имею о локусах, влияющих на этот признак. Цель исследования состоит в том, чтобы определить это. Мы будем делать повторную последовательность.
Хорошо. У вас действительно есть несколько различных существующих алгоритмов для этого. Я не могу здесь составить хороший список и сравнить эти алгоритмы, но вышеупомянутые документы должны помочь. Еще один набор вопросов, который вы должны себе задать: «Знаю ли я, в какой среде отбираются индивидуумы?», «Появляются ли индивидуумы в континууме градиента окружающей среды или они встречаются в одной из двух разных сред?».
Надеюсь, я правильно понял вопрос: линии мышей были искусственно отобраны в одной и той же лаборатории. Из популяции-основателя животные были сгруппированы по признаку А или В. Внутри этих групп животных скрещивали в течение ~ 170 поколений, избегая инбридинга. Была сохранена контрольная линия, скрещенная случайным образом и не проявляющая ни одного из признаков.
Где процесс отбора? Только разделение по значению признака?
Да, они были разделены в соответствии со значением их черты. Признаки A и B неуклонно увеличивались в течение ~ 170 поколений.

Ответы (1)

В этом ответе я предполагаю, что у вас нет никакой информации о том, какая среда влияет на давление отбора, поэтому нельзя использовать такие методы, как Bayenv2 .

Стандартные алгоритмы:

  • Тест Левонтина-Кракауэра
  • fdist
  • Байескан
  • ФЛК
  • ПКАдапт

Whitlock и Lotterhos 2014 показали, что чаще всего FLK и Bayenv2 работают лучше трех других. Ряд статей (Meirmans 2012, Bierne et al 2013, De Mita et al 2013 и Fourcade et al 2013) также показали, что fdist и BayeScan страдают от высокого уровня ложных срабатываний. Поэтому я бы порекомендовал пойти с FLK , но я, вероятно, недостаточно хорош, чтобы давать очень хорошие советы.

Обратите внимание, что вы должны немного узнать о том, как работают эти алгоритмы, а не использовать их вслепую.

Какой тест применить для выявления геномных сигнатур селекции?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v