Генное возмущение, для чего оно используется, объясните компьютерщикам? [закрыто]

Я пытаюсь построить сеть регуляции генов, и мне нужны базовые знания о ней.

Итак, в исследованиях генов мы возмущаем гены. Например, сбить их?

Могут ли люди назвать 2 или 3 метода эксперимента, чтобы возмутить гены? И 3 и более наблюдений (фенотипов) после возмущения?

Если бы это можно было объяснить в контексте Microarray, это было бы хорошо оценено.

Вопрос не такой организованный, если вы сможете рассказать целую историю до того, как начались вычислительные работы, я буду вам очень благодарен.

Боюсь, это действительно слишком широко. Возмущение может означать очень многое: от изменения уровня экспрессии до включения или выключения генов и изменения производимого белка. Фенотипы будут зависеть как от конкретного применяемого возмущения, так и от конкретного нарушенного гена.
@terdon Спасибо за ваши комментарии. Я спрашиваю, как нарушить гены? Как проводить эксперименты, чтобы возмутить гены? и каковы возможные фенотипы/исходы после возмущения?
Я не уверен, как вы можете объяснить это с помощью микрочипа, поскольку микрочип дает только считывание на уровне транскрипта, а генетические нарушения могут применяться ниже по течению на уровне белка (скажем, путем экспрессии мутантного белка). Кроме того, исследования возмущений in vitro весьма разнообразны, как уже упоминалось Тердоном. Я бы посоветовал прочитать литературу по типам вопросов, на которые вы хотите ответить, и посмотреть, как они решались экспериментально, чтобы лучше сфокусировать свой вопрос.
Этот вопрос не слишком подходит для формата SE. Хотя есть несколько идей, которые сами по себе могли бы быть хорошими вопросами («как могут быть нарушены гены?», «какие фенотипы возникают в результате возмущения генов?», «как возмущение генов используется для микрочипов?»), кажется, что этот вопрос хочет, чтобы кто-то написал отчет, адаптированный к исследовательским потребностям этого человека (сколько будущих посетителей выиграют от такого ответа?).
@GeekCat, в настоящее время ваш вопрос слишком широк и включает несколько подвопросов. У вас больше шансов получить хороший ответ, если вы разобьете его на отдельные вопросы. Для начала я бы порекомендовал вам спросить: «Что означает возмущение генов в контексте сетей регуляции генов и как оно достигается на практике?» так как это поможет вам понять, что еще вам нужно спросить.

Ответы (2)

Вот 3:

1) нокаут гена. Просто удалите ген из генома. Исчезла функция — полезная для демонстрации прямого участия гена в фенотипе. В качестве фенотипа микроматрица будет регистрировать всевозможные реакции на потерю гена в дополнение к исчезновению рассматриваемой РНК.

2) использовать отбор для поиска мутантов по этому гену. Воздействовать на организм мутагеном или большим количеством УФ-излучения. Полезные мутанты различаются в зависимости от функции генов. Чувствительность к температуре — ген не функционирует при температуре выше 30°С — пример фенотипа для мутанта , который использовался классически. В этом случае функционирование самого гена является фенотипом. Это пример более слабого возмущения. Может использоваться, когда нокауты фатальны или когда система слишком чувствительна для нокаута.

3) изменить условия окружающей среды. увеличить концентрацию субстрата или снизить доступность питательных веществ. Фенотипы могут быть скоростью роста/деления, выработкой данного метаболита из клеток, но это продолжается и продолжается.

Влияние на данные полногеномного микрочипа может быть довольно сложным в таких экспериментах по возмущению, потому что сцепление многих генов даже у бактерий может быть широким и значительным.

Спасибо, @shigeta, не могли бы вы дать 3 возможных результата фенотипа?
ну, сам микрочип часто является самим фенотипом - производством РНК. Вот почему он так популярен как техника. Исследования мутантов имеют измеримый фенотип, такой как количество химического вещества, которое вырабатывается в клетке, или скорость роста. Фенотипы - очень широкая тема - они, по сути, ЛЮБЫЕ наблюдаемые относительно клетки или организма. это очень большой список, если вы включите наблюдения с помощью приборов. Это все равно, что просить математика перечислить все свойства чисел.

Возмущение — это когда вы либо вводите ген или продукт гена, либо подавляете его, используя различные подходы, чтобы увидеть, какие другие гены демонстрируют изменения в экспрессии или другие эпигенетические модификации, которые можно измерить с помощью микрочипа.

Если гены A, B, C, D, E экспрессируются больше из-за активности гена X, в то время как F, G, H не затронуты, при сравнении данных микрочипа из образцов, где X был выключен, с теми, где он не был отключен. , вы увидите снижение экспрессии A, B, C, D и E — вы можете представить это в виде графика с геном X в центре.

Надеюсь, это поможет, Анкур.

Генное возмущение, для чего оно используется, объясните компьютерщикам? [закрыто]
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v