Мне интересно, существуют ли различия в метилировании ДНК между прямой и обратной цепями гена? Мне интересно, потому что при разработке праймеров для бисульфитного пиросеквенирования можно разработать праймеры только для прямой цепи. Должно ли это иметь значение для ДНК человека/мыши?
ура и заранее спасибо за любой совет.
В большинстве тканей почти 100% метилирования ДНК происходит в сайтах CpG. Это обеспечивает прямой механизм эпигенетического наследования. Поскольку C и G комплементарны, обе цепи имеют сайт CpG в одном и том же локусе, и метилирование присутствует либо на обеих цепях, либо ни на одной из них. Во время репликации каждая дочерняя молекула ДНК наследует родительскую цепь с (не)метилированными сайтами CpG. Ферменты могут распознавать асимметричное метилирование CpG и впоследствии метилировать новую цепь, где это необходимо. Итак, для сайтов CpG обе цепи метилированы или нет.
Однако в эмбриональных и индуцированных стволовых клетках ~ 25% общего метилирования приходится на не-CpG-сайты (особенно CpA). Таким образом, метилирование в конкретном локусе будет происходить только на одной цепи. Насколько мне известно, как/наследуется ли этот паттерн метилирования, еще не выяснено. Кроме того, этот тип метилирования происходит по всей хромосоме и особенно высок в экзонах, тогда как метилирование CpG обычно происходит выше сайта начала транскрипции.
Существует также явление, называемое гемиметилированием, когда одна из цепей метилирована, а другая не метилирована, или наоборот. Были различные исследовательские вопросы, связанные с гемиметилированием, вы можете найти больше об этом здесь: http://nathansheffield.com/wordpress/what-is-hemimethylated-dna/
дакноулз